安装ubuntu硬盘版单机并行编译lammps.docx

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1、Windows7下安装ubuntu12.04,并行编译lammps教程。软件准备:ubuntuxx.iso,EasyBCD,lammps。其余软件在联网条件才能获得。将要作为ubuntu安装盘的空间在win7磁盘管理下删除,这样在win7下就不能看到其系统盘,而ubuntu下可看见windows7的系统盘。1,安装EasyBCD软件并打开,添加新的启动菜单(addnewentry)=》neogrub=》安装(install)=》配置(configure),将下列英文复制入文件:titleInstallUbunturoot(hd0,0)kernel(hd0,0)/vmlinuzb

2、oot=casperiso-scan/filename=/ubuntu-11.10-i386.isoroquietsplashlocale=zh_CN.UTF-8initrd(hd0,0)/initrd.lz绿色部分为当前win7安装盘的物理位置,第n块盘的第n个分区,从零起计。红色部分为准备好的系统镜像iso文件名。保存,关闭软件。2,用解压软件或者虚拟光驱打开iso文件,将镜像中.disk文件夹,以及casper文件夹下initrd.lz与vmlinuz复制进入win7安装盘根目录。再将系统镜像iso文件复制入同样目录下。3,重启计算机,选择进入neogrub加载引导项,选

3、择installubuntu,进入ubuntu安装桌面。此时打开系统终端输入sudoumount–l/isodevice。关闭终端开始安装系统。为节约时间,选择安装时不更新,不安装第三方软件。选择其他安装选项。选中为ubuntu预留的磁盘空白分区,双击选择文件类型ext4,目录为/,勾选格式化,安装驱动器选择整个硬盘。安装开始。4,安装ubuntu完毕重启,系统选择菜单中windowsloader为windows入口。进入ubuntu系统,联网,打开ubuntu软件中心,编辑=》软件源=》选择最佳服务器。5,安装lammps所需组件。Sudoapt-getinstallbuil

4、d-essential,以及gfortran,csh,libjpeg62,libjpeg62-dbg,libjpeg62-dev,mpich2。手动安装fftw2,下载安装包,安装命令如下:$cd/usr/local/src$sudotarxzvf~/Downloads/fftw-2.1.5.tar.gz$cdfftw-2.1.5$sudo./configure--prefix=/usr/local/fftw2--enable-float$sudomake$sudomakeinstall安装mpich2,可手动,或apt-get命令。6,下载lammps安装包,修改makefi

5、le.g++#g++=RedhatLinuxbox,g++,MPICH2,FFTW...#compiler/linkersettingsCC= g++CCFLAGS=-g-OSHFLAGS=-fPICDEPFLAGS=-MLINK= g++LINKFLAGS=-g–OLIB=SIZE=sizeARCHIVE=arARFLAGS=-rcSHLIBFLAGS=-shared...#LAMMPSifdefsettings,OPTIONALLMP_INC=-DLAMMPS_GZIP-DLAMMPS_JPEG...#MPIlibrary,REQUIREDMPI_INC= -DMPICH_

6、SKIP_MPICH2 -I/usr/local/mpich2/include  # 即mpi.h的路径MPI_PATH= -L/usr/local/mpich2/lib  # 即libmpich.a的路径MPI_LIB=-lmpich-lmpl-lpthread...#FFTlibrary,OPTIONALFFT_INC= -DFFT_FFTW2 -I/usr/local/fftw2/include  #即fftw.h的路径FFT_PATH= -L/usr/local/fftw2/lib  # 即libfftw.a的路径FFT_LIB=-lfftw# 可以理解为,将-l换成l

7、ib,后面添加.a后缀,就是libfftw.a这个库文件了...#JPEGlibrary,OPTIONALJPEG_INC= -I/usr/include  # 即jpeglib.h的路径JPEG_PATH= -L/usr/lib/i386-linux-gnu  # 即libjpeg.a的路径JPEG_LIB=-ljpeg1,进行Make。$cd~/lammps/src$makeclean-all$makeyes-all$makeno-gpuno-kimno-reaxno-user-atcn

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