蛋白质质谱样品污染及预防.ppt

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1、生物质谱室生命科学研究中心1062室62731128蛋白质组样品污染污染来源角蛋白：皮肤，毛发，衣服，灰尘PEG：塑料试剂瓶，离心管，保鲜膜和PE塑料手套（PEG是塑料加工中的“润滑油”，国产离心管PEG残留可能较多）表面活性剂：蛋白提取液，清洗玻璃试剂瓶的残留（SDS，CHAPS，Triton，Tweens，ND-40）影响范围角蛋白：角蛋白质谱信号压制样品蛋白质谱信号，引起低丰度蛋白信号丢失。导致色谱柱污染和超载。PEG和表面活性剂：抑制多肽电离，降低样品信号强度，驻留色谱柱，降低分离效率。角蛋白和PEG：污染SD

2、S-PAGE胶和蛋白溶液表面活性剂：污染蛋白溶液蛋白质组样品污染的影响角蛋白污染无法根除，可通过如下方法缓解交叉污染：专用，分开储存的优质离心管环境污染：洁净的实验室空间，减少灰尘和空气流动接触污染：洁净的乳胶手套和实验服表面活性剂和PEG：使用超滤管（10kDa）去除样品污染解决方法样品污染问题污染较少的SDS-PAGE样品酶解后的TIC图严重PEG污染的的SDS-PAGE样品酶解后的TIC图PEG污染信号4相对污染较少的SDS-PAGE样品酶解后的质谱图严重PEG污染的的SDS-PAGE样品酶解后的质谱图PEG污染

3、信号污染较少的SDS-PAGE样品蛋白鉴定结果：目标蛋白得分远高于角蛋白污染蛋白鉴定结果角蛋白污染结果严重角蛋白污染的SDS-PAGE样品蛋白鉴定结果：角蛋白得分远高于目标蛋白蛋白鉴定结果角蛋白污染结果BSA酶解液进样量fmol得分覆盖率%124112612460987136807773410994681510-212059816141266381720175718184024250879*4014375882fmol，约0.1-0.2ng蛋白样品就能实现较可靠鉴定不必一味追求大进样量减小进样量也能控制和减少污染液质联

4、用在蛋白鉴定中的灵敏度