IPA 2014综合介绍.pdf

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2、获取生物信息并用以数据分析数据驱动知识驱动DataDrivenAnalysisGeneVestigatorDataAcquisitionContent120,000curatedmicroarraysSearchengine+WebtoolsPrioritizetargets/biomarkersConditionssignificantlyregulatingyourgeneofinterestTargetgeneUnderwhichconditionsisitOrgansNeoplasmsChemicalsofinterestr

3、egulatedorstronglyexpressed?TissuesNormaltissuesDrugsCelltypesMetastasesDiseasesCellcultureCancercelllinesCancersCelllinesGenotypesDiscovernoveltargets/biomarkersSelectoneorseveralconditionsofinterestamongthousandsof:NeoplasmsChemicalsWhichgenesarespecificallyexpressed

4、NormaltissuesDrugsinthechosencondition(s)?OrgansDiseasesSpecificMetastasesCancerstargetsorCancercelllinesGenotypes(bycomparisonagainstallotherconditions)biomarkers120,000curatedmicroarraysSearchengine+WebtoolsFindco-regulatedgenesCorrelateacrossrelevantconditionsfromth

5、eseprofiles:SamplesOrgans/tissuesCelllinesTargetgeneWhichgenesareco-regulatedChemicalsofinterestacrossrelevantconditions?DrugsDiseasesCancersListofco-regulatedGenotypesgenesFindconditionscausingsimilarresultsListofgenesandcorrespondingexpressionvaluesWhichotherexperime

6、ntalconditionscausesimilarresults?ConditionsYourgeneexpressionresultsfrom(bycomparisonagainstallcausingRT-qPCR,microarraysorRNAseqexperimentsinthedatabase)similarresultsKnowledgeBasedAnalysisIngenuityPathwayAnalysis如何解释作用机制常规IPA路线Causal人工或通过自动通路数据库打分分析确定关注热匹配点自动从IPKB中数

7、GO百万条研究结论转录因子预测中自动建模寻找蛋白相互作用最可能作用途径研究者通过背景人工预测转录调文献、预测调控控与信号通路间趋势与实验结合关联性建立假设模型用Ingenuity数据库解释作用机制PatientDocetaxelPhenotypesDiseaseProcessesProstateIngenuityCancerKnowledgeCellularBaseProcessesApoptosisAngiogenesisMoleculesFasVegfExperimentalPlatformsIngenuity数据库的组成数据顶

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