IPA软件试用指南.pdf

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1、INGENUITYPATHWAYANALYSISIngenuityPathwayAnalysis试用指导上海康昱盛信息科技有限公司2014/7/121目录1.第一次使用2.软件相关设置3.使用IPA查询搜索并构建个性化网络4.使用Bioprofiler功能进行批量查询(需额外申请)5.上传数据并进行一次CoreAnalysis6.如何查看分析结果7.如何进行ComparisonAnalysis8.其他功能简介2第一次使用运行环境准备IPA是一款全图形化界面的Java应用程序，其运算完全基于IngenuityK

2、nowledgeBase收集的生命科学数据库的大数据云计算，因此您需要有稳定快速的互联网连接即可。1.硬件：1.高速互联网连接，推荐>10Mbps的有线网络或4G无线网络2.推荐使用64位运行环境，内存大于4GB（最低2GB）3.所有计算过程基于云计算，对本地计算机的计算性能无要求2.操作系统：1.推荐：Win7,MacOS64位2.可用：WinXP，MacOS32位3.软件环境：1.浏览器：推荐Waterfox（目前最稳定64位浏览器），其它如IE，Chrome均支持2.Java，安装对应浏览器版本的Jav

3、a运行环境，使用浏览器登录java.com自动检测安装即可3第一次使用软件登陆1.IPA的打开是使用账号密码登录网页后自动激活JAVA客户端的方式登录为主，www.ingenuity.com/login选择，在登陆界面输入用户名密码，遗忘密码的话就点击下方forgotpassword取回即可。2.打开过程中，如果有任何警告框弹出提示安全问题，均选择alwaysallow即可。3.如果在运行过程中有打开错误请参照下面方法调试：1.确保Internet连接稳定快速，尤其是出国网速；2.清空Java缓存1.Wind

4、ows开始菜单>搜索configureJava，打开2.窗口底部选择TemporaryInternetFiles,点击“Settings”按钮。3.点击"DeleteFiles"4.选择所有可选框并点击“OK”。4软件界面工作流快捷起始按钮，大部分任务可以在此起始搜索框项目管理窗口工作区域，大部分结果在此展示5如何获得帮助官网帮助中心，包含IPA方方面面的介绍内建操作流程指南，包含各个模块的分析流程6使用IPA查询搜索并构建个性化网络案例1FASN是什么，其分子类型，表达位置，分子功能，参与通路等基本信息有哪

5、些？与它相互作用的分子有哪些？上游有哪些对它进行调控的分子？在它的上游有什么可以对它进行激活的激活因子？案例2寻找靶标信息（如HDAC），药物的信息（如Tamiflu，Sorafenib）及两者之间可能存在的关联性7案例1.FASN相关分子网络查询•打开IPA客户端，上方搜索栏中输入FASN，点击search按钮或直接回车，搜索支持加入*进行通配符搜索搜索分子搜索功能疾病搜索通路、毒理学列表点击切换搜索类型点击打开详细报告查看相关试剂或互作网络查看药物临床进展查看生物标志物背景•FASN的详细报告：•基本信息

6、，包含分子名称、家族、同义词、分子功能、亚细胞定位、分子参与通路、以FASN作为靶标的miRNA信息、最新研究进展点击可查看FASN参与AMPK通路的具体信息8案例1.FASN相关分子网络查询点击可查看AMPK通路详细报告，效果等同于在搜索栏中选择Pathways标签搜索AMPK，再点击Report链接。点击Pathway•FASN参与AMPK通路的信息：链接同样可以打开AMPK通路图通路中所有关系、节点均能编辑查询•FASN参与的AMPK信号通路Report包括背景介绍、参考文献等详细信息FASN在AMPK

7、通路中的作用关系相关作用背景文献信息FASN和FattyAcid合成的关系9案例1.FASN相关分子网络查询FASN参与的调控过程，被调控的分子，结合分子，与细胞的哪些功能有关，相关的疾病…HumanIsoformsFromRefSeq•其他数据库对FASN的描述、GO功能聚类信息、药物信息…最新的研究发现，点开showFindings会展开具体信息10案例1.FASN相关分子网络查询•参考文章按研究方向不同分类列出，并且具体到详细的功能分类。1677条人工文献阅读结论不同分类相关文献数目及链接，点击数字即可

8、展开详细文献题目、内容等信息*部分截图•通过搜索功能，找到与FASN相互作用的分子点击欲构建网络的分子前的方框（可多选），再点击Addtomypathway按钮，在下拉菜单中点击Newmypathway新建查询网络Build：互作网络生长工具Overlay：功能、通路、药物等关联PathDesigner：个性化绘图工具操作界面：所有的节点或互作线均支持编辑查询。左键选择，右键打开功能菜单，鼠标滚轮缩