大弹涂鱼、弹涂鱼的线粒体COI基因差异及系统发育【毕业设计】

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1、本科毕业设计（20__届）大弹涂鱼、弹涂鱼的线粒体COI基因差异及系统发育目录引言11材料与方法11.1样品采集11.2基因组DNA提取11.3PCR扩增及序列测定11.4基因序列信息的收集21.5基因序列的分析22结果与分析22.1大弹涂鱼、弹涂鱼COI基因序列特征及变异22.2种间及种内的遗传距离42.3虾虎鱼科分类及其分子系统树53讨论7致谢7参考文献8摘要：本研究探讨将虾虎鱼科鱼类线粒体COI基因作为DNA条形码在物种鉴定上应用的可行性。采集虾虎鱼科中的大弹涂鱼(B.pectinirostris)和弹涂鱼

2、(P.cantonensis)各6尾，从其肌肉抽提DNA，然后PCR扩增线粒体COI基因，纯化并测序。研究中获得了这2种虾虎鱼科鱼类长度约为650bp的COI基因序列。该序列与GenBank下载的其它12种虾虎鱼科鱼类的COI基因序列，经ClustalX辅助校正，采用MEGA软件以Kimura-2-parameter计算出种间及种内距离，并基于NJ和MP法构建出14种虾虎鱼科鱼类分子系统树。大弹涂鱼和弹涂鱼种内遗传距离分别为0.002和0.008，而14种虾虎鱼科鱼类种间平均遗传距离为0.224。在分子系统树上，

3、14个种均可形成单系，其中背眼虾虎鱼亚科的大弹涂鱼和青弹涂鱼间的遗传距离较大弹涂鱼和弹涂鱼的小，所以在系统发育上大弹涂鱼属与青弹涂鱼属间的亲缘性比大弹涂鱼属与弹涂鱼属间的亲缘性高。关键词：大弹涂鱼；弹涂鱼；COI基因；系统发育Abstract:Inthisstudy,wediscussedthevalidationofCOIgenesequencetoefficientlyidentifythespeciesofgenusGobiidae.B.pectinirostrisandP.cantonensisofGob

4、iidaespecieswerecollectedeachsixoneforthisstudy,theirgenomicDNAswasextractedfrommuscle,andthemitochondialCOIgenefragmentswereamplifieswithPCR.Afterpurification,theamplifiedproductsweresequenced.Theexperimentalresultsshowedthatagenefragmentofthistwospecieswith

5、molecularsizeabout650bpwereobtainedafterPCRamplifications.Thesesequensesandother12speciesofGobiidaewereadjustedbyclustalX,thentheProgramMEGAwasusedforsequenceanalysis.Geneticdistances　werecomputedwithKimura-2parametermodelandphylogenetictreewasreconstructedwi

6、thNJandMP.Thedistancewithin-speciesofB.pectinirostrisandP.cantonensiswas0.002and0.008,respectively,andtheaveragedistancebetweenthe14specieswas0.224.Onthephylogenetictree,14speciesassembledinoneclass.ButthegeneticdistancebetweenB.pectinirostrisandS.histophorus

7、ofOxudercinaewassmallerthanbetweenB.pectinirostrisandP.cantonensis,sotheaffinitybetweenBoleophthalmusandScartelaoswasmuchhigherthanBoleophthalmusandPeriophthalmus.Keywords:Boleophthalmuspectinirostris;Periophthalmuscantonensis;CytochromeoxidasesubunitI(COI);P

8、hylogenesis1引言虾虎鱼科（Gobiidae）属鲈鱼目，虾虎鱼亚目。虾虎鱼科鱼类的特点是身体细长，有两条脊鳍，大多数虾虎鱼科鱼类前鳍化为吸盘，可于岸边爬行，如：弹涂鱼，大弹涂鱼。该科鱼类分布于全世界，一共大约有800多种，它们大多栖息于热带的海水中，是一种体型较小的食肉鱼类。当前，已经有很多人研究过COI基因序列作为DNAbarcode用于系统分类及物种鉴定上的