Mega的使用以及进化树的绘制

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1、MEGA构建系统进化树的步骤1.将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致(5’-3’)。如图：2.打开MEGA软件，选择"Alignment"-"AlignmentExplorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrievesequencesfromafile,然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。3.在打开的窗口中选择”Alignment”-“AlignbyClustalX”进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的

2、部分，单击右键，选择delete即可，如图：。4.关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-codingnucleotidesequencedata,根据情况选择Yes或No。最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。5.回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“BootstrapTestofPhylogeny”-“Neighbor-joining”，打

3、开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“BootstrapTestofPhylogeny”–“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“BootstrapTestofPhylogeny”–“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“BootstrapTestofPhylo

4、geny”–“UPGMA”，如图：6.最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。