致病细菌重测序

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1、致病性细菌致病突变的鉴定王志全技术总监•一、基本研究思路•二、分析结果展示•三、分析内容讲解•四、候选致病突变的挖掘一、基本研究思路基于二代测致病菌株序的重测序基于三代测序组装细菌重测序细菌denovo参考基因组-致病菌-非致病致病菌株-非致病菌株菌株Case-control比较分析基因组共线性分析致病菌特有的基因或致病菌特异的突变二、重测序分析结果展示三、分析内容讲解重测序框架图精细图完成图参考基因组基因组组分分析基因岛重复序列重测序变异分析比较基因组学CRISPR非编码RNASNP检测及注释共线性分析基因预测前噬菌体InDel检测及注释共有特有基因

2、分析SV检测及注释基因家族分析ORF基因功能注释个性化分析进化分析基本功能注释致病性分析个性化分析1系统发育树COGKEGG分泌蛋白预测PHI个性化分析2Ka/Ks分析NRGOSwiss-protVFDBARDBCAZy个性化分析3四、致病突变挖掘信息分析-基因功能注释-专用数据库在常用数据库之外，研究者们还建立了众多的专用数据库，用以专门收集致病性、耐药性等基因的注释。植物致病菌——碳水化合物酶数据库动物致病细菌——毒力因子数据库耐药基因数据库宿主互作数据库细菌/真菌基因组测序研究思路阶段一：菌株基因组信息的深入挖掘致病菌株基因组组成和功能毒力因

3、子宿主互作免疫机制耐药机制获得机制KEGG毒力相关通路PHI数据库CRISPRARDB数据库基因岛分泌蛋白前噬菌体VFDB或CAZy数据库重复序列粘附素外毒素菌毛荚膜主动流出系统毒力岛内毒素鞭毛蛋白水解酶灭活酶耐药岛细菌/真菌基因组测序研究思路阶段二：比较基因组学•M株致病（耐药）株+M株非致病（非耐药）株•染色体层面：共线性分析•基因层面：基因家族分析，Core-Pan基因分析•点突变层面：SNP，InDel共线性分析差异片段相关通路深度挖掘SNP&InDel突变分析数基因组序列据库Core-Pan基因分析差异基因富集分析毒力相关分析致病菌株注释基

4、因家族分析扩张收缩基因家族耐药相关分析信息非致病菌株宿主互作相关分析转录组信息基因表达差异富集分析