基于基因芯片数据的肝癌生物信息学分析

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1、分类号R57密级公开UDC610学校代码10555硕士学位论文（专业学位）基于基因芯片数据的肝癌生物信息学分析研究生姓名：王秀丽指导教师、职称：宁文锋副教授专业学位类别（领域）：临床医学（内科学）研究方向：肝癌所在学院：第二临床学院二○一六年五月万方数据-1-万方数据基于基因芯片数据的肝癌生物信息学分析论文作者签名:指导教师签名:论文评阅人1：古赛教授硕导重庆医科大学附属第一医院评阅人2：曾灵副研硕导第三军医大学答辩委员会主席：阳学风教授硕导南华大学附属南华医院委员1：张明亮教授硕导南华大学附属第二医院委员2：杨铭教授硕导永州临床学院委员3：王正根副教授硕导南华大学附属

2、第二医院委员4：朱理辉副教授南华大学附属第二医院答辩日期：2016年5月14日万方数据-3-万方数据南华大学学位论文原创性声明本人声明，所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了论文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得南华大学或其他单位的学位或证书而使用过的材料。与我共同工作的同志对本研究所作的贡献均已在论文中作了明确的说明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。作者签名：年月日南华大学学位论文版权使用授权书本学位论文是本人在南华大学攻读硕士学位期间在导师指导下完成的学位论文

3、。本论文的研究成果归南华大学所有，本论文的研究内容不得以其它单位的名义发表。本人同意南华大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留学位论文，允许学位论文被查阅和借阅；学校可以公布学位论文的全部或部分内容，可以采用复印、缩印或其它手段保留学位论文；学校可根据国家或湖南省有关部门规定送交学位论文。同意学校将论文加入《中国优秀博硕士学位论文全文数据库》，并按《中国优秀博硕士学位论文全文数据库出版章程》规定享受相关权益。同意授权中国科学信息技术研究所将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》，并通过网络向社会公众提供信息服务。对于涉密的学位论文，解密后适用该授权。作者

4、签名：年月日导师签名：年月日万方数据万方数据基于基因芯片数据的肝癌生物信息学分析摘要：表达谱芯片技术产生了大量的基因芯片及海量的生物学信息。利用众多实验室的基因芯片数据及从这些纷繁的基因表达数据中读懂其中蕴含的生物学意义是生物学工作者的挑战与目标。肝癌的发生､发展是一个多阶段、多步骤、多基因的复杂过程。肝癌发病分子机制传统的研究方法以单基因为主，研究结果有一定的局限性。基因芯片研究能高通量表现基因的变化，对肝癌发病的分子机制研究有较大的优势。本研究拟对基因芯片数据库中的肝癌基因芯片予以生物信息学数据分析，筛选出差异表达基因，然后对差异基因进行生物学功能分析,从而对肝癌发

5、病的分子机制予以探讨。方法：从GEO数据库下载基因芯片数据GSE60502，采用Genespring软件对基因芯片数据进行分析，筛选差异表达基因。采用在线软件DAVID对差异表达基因进行基因本体论及信号通路富集分析。结果：1.共筛选出1076个显著差异表达基因，其中上调的差异基因数目为626个，下调的差异基因数目为450个。2.基因本体论分析结果：上调的差异表达基因主要与细胞周期、有丝分裂、嘌呤核苷酸结合等相关；下调差异表达基因主要与补体激活、微粒体、急性炎症反应、蛋白降解、正调控免疫反应、体液免疫反应、氧化还原酶活性等相关。3.信号通路富集分析结果：上调差异表达基因主

6、要集中I万方数据于细胞周期、卵母细胞减速分裂、孕激素介导的卵母细胞成熟、P53信号通路、癌症途径等；下调的差异表达基因主要集中于：补体系统、药物代谢、视黄醇代谢、细胞色素P450的异性生物质代谢、亚油酸代谢。结论：1、MAPK信号通路可能是肝癌的主要分子发病机制之一；2、P53信号通路的上调可能对肝癌的发生有一定的保护作用；3、CYP450的下调可能对于临床药物使用及肝癌的预防有一定的意义。关键词：基因芯片；肝癌；差异基因II万方数据BIOINFORMATICSANALYSISOFHEPATOCELLULARCARCINOMABASEDONGENEMICROARRAYA

7、bstract:Expressionmicroarraytechnologyproducealargenumberofgenechipandmassbiologicalinformation.Itisthechallengesandgoalsforbiologicalworkersthatusingthemicroarraydatafromnumerouslaboratoriesandreadingthebiologicalmeaningofthecomplexgeneexpressiondata.Theoccurrenceanddeve