青南高原多房棘球蚴SBACT5基因的克隆和生物信息学分析

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1、青南高原多房棘球黝SBACT5基因的克隆和生物信息学分析何顺伟李晓燕李洪清赵瑞雪魏晓星青海大学生态环境工程学院青海大学附属医院教学管理部青海大学附属医院肝胆胰外科青海大学附属医院烧伤科青海大学医学院生化教研室摘要：目的胆汁酸钠协同转运蛋H在棘球绦虫发育过程中起着重要作用。文中研究克隆多房棘球蝴(Em)的胆汁酸钠协同转运蛋白5(EmSBACT5)基因，并对其编码蛋口进行生物信息学分析。方法采用RT-PCR技术扩增EmSBACT5基因并测序,采用生物信息学软件对编码蛋白的理化性质、亲/疏水性、跨膜域、翻译后修

2、饰位点、结构域、二级结构、三级结构、亚细胞定位和牛物学功能进行预测分析。结果扩增出654bp的完整开放阅读框，其编码217个氨基酸，与公布的细粒棘球蝴(Eg)的EgSBACT5基因核廿酸和氨基酸同源性分别达98%和96%。蛋白分析结果显示，EmSBACT5蛋口分子式为C1141H1797N2730284S11,相对分子量为24240,pI为8.99o含有9个翻译后修饰位点和4处典型的结构域。a-螺旋、B-折叠、B-转角和无规则卷曲所占的比例分别为29.95%、31.80%、7.83%和30.41%。该蛋白

3、为疏水性跨膜蛋白，主要定位于细胞质膜中，可能在物质转运和信号传递过程屮发挥作用。结论成功克隆出EmSBACT5基因并获得其编码蛋白的的信息学特征，为包虫病防治提供基础信息。关键词：多房棘球勉;胆汁酸协同转运蛋白5;基因;克隆;生物信息学;分析;作者简介：魏晓星，E-mai1:weixiaoxing@tsinghua.org.on收稿日期：2017-01-13基金：青海省科技厅项目(2016-ZJ-746)CloningandbioinformaticsanalysisofSBACT5geneinEchin

4、ococcusmultilocularisfromSouthernQinghaiPlateauHEShun-weiLIXiao-yanLIHong-qingZHAORui-xueWEIXiao-xingDepartmentofEcologically-environmentEngineering,QinghaiUniversity;DepartmentofHepatobiliaryandPancreaticSurgery,Aff订iatedHospitolofQinghaiUniversity;Depar

5、tmentofBurnsDivision,AffiliatedHospitalofQinghaiUniversity;DepartmentofBiochemistry,MedicalCollegeofQinghaiUniversity;Abstract：ObjectiveSodium-bileacidcotransporterplaysanimportantroleinthedevelopmentofEchinococcus.Thepresentstudyaimedtoclonesodiumbileaci

6、dcotransportergeneinEchinococcusmult订ocularis(EmSBACT5)andtoanalyzethebioinformaticsofiIscodingprotein.MethodsEmSBACT5genewascimplifiedbyreversetranscriptionRCR(RT-PCR)technologyanditsnucleotidesequencewassequenced.Bioinformaticssoftwareswereusedtopredict

7、andanah^zethephysicalandchemicalproperties,hydrophilicity/hydrophobicity,transmembranedomain,post-trans1ationalmodificationsiles,structuraldomain,secondarystructure,tertiarystructure,subcellularlocalizationandbiologiceilfunctionsofthecodingprotein.RcsuIts

8、Thecompletcopenreadingframewasamplifiedwith654bpinlength,encoding217aminoacids.ThehomologyofthenucleicacidsequenceandaminoacidsequenceofEmSBACT5genewere98%and96%withthepublishedSBACT5inEchinococcusgranulosus(EgSBACT