数据库原理与程序设计（孙杰）实验四：数据库的构建

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1、年级09专业生物技术课程名称数据库姓名土心宇学号2009156047实验口期2011.12.15实验题目实验四：数据库的构建实验S的掌握数据库设计的周期实验耍求1、数据库中存放着基因的geneid,基因名；2、数据库中存放着蛋白质复合物的名称和蛋白质复合物的ID；3、数据库中存放着基因和基因之间的互作关系数据，在基因互作关系中，用geneid代表基因；4、数据库中存放着蛋白质复合物和组成蛋白质复合物的基因：5、原始数据：基因互作数据，蛋白质复合物数据，基因信息数据；6、给出一个基因的名称或者基因的ID,查询该基因相关的蛋白质复合物；7、给出一•个基

2、因名或基因的ID,查询该基因在基因互相网络中的直接互作基因；8、给出一•个蛋口质复合物的名字或复合物的ID,查询构成该复合物的基因，以及该复合物的相关基因之间的互作关系：9、我们所关注的所冇基因，蛋白，复合物都是人类的；10、构建适当的数据库和数据表，实现上述数据的存放和相应查询要求；1,去掉HPRD_ID_MAPPINGS.txt中的第一行。然后导入symbol,geneid,swissprot_id。pysql>createtablegene_infogeneidchar<9

3、>,swisspi*ot_iduarchar<20>>；ftuei*yOK,0rowsaffectbd〈B.1.4sec>r>ysql>loaddatalocalinfilc*D：WdataXXgcnc.txt*intotabicgenc-.info；hueryOK,19651rowsaffected,19652warnings<0.63sec>Records:19651Deleted：0Skipped：0Warnings：19652hysql>altertablegene_infodrophpi*d_id；Oue>*yOK,19651rowsaf

4、fected(H.88sec>DRecords:19651Duplicates:HWarnings:0pysql>select«fromgcne_infolinit20；IgeneSynbolgeneid!swissprot_id实验步骤ALDH1A1FAUALDH2ALDH3A1ALDH1B1ACAT2CHRNA1CHRNECHRNGACHEASCL1AC02fiCOlACRU1ACTClfiCTG2ACTG1FLNCACTN2ACINIIrowsin218:21?!11341145IJLJL46I43!42948S56!?0!72?1:2

5、318J88!8?:P00352:P35544!P05091:Q6PKA6!P3083?!Q9BUD1!P02708:Q04844JP07510:P22303!P50553!Q99798!P21399!P26436iB3KPP5!P63267!P63261:Q14315JP35609:B3U8S3set<0.WW(下ifli为导入gcnc.txt得到的，因为allComplexesCore.csv中subunits(EntrezIDs)存在问题。所以不采用下面这个表)hysql>createtablegene_info..

6、GenelDchar<9>..Sysnboluarchar<20>>；QueryOK，0rowsaffected<0.05sec>nysql>loaddatalocalinfilefD：\gene_info.txtfintotablegene—info；QueryOK,45496rowsaffected,.45496warnings<1.53sec>Records:45496Deleted：0Skipped：0Warnings:45496nysql>altertablegene_infodroptaxiD；iQueryOK,45496rowsaf

7、fected<1.59sec>Records:45496Duplicates:0Warnings:0pysql>select*fromgene_in£olimit10；4GenelDaiSysmbol111A1BG2aaA2M3iiA2MP9aiNAT110IiNAT211iiAACP12aISERPINA313IaAADAC14aaAANP15ai-4-AANAT10rov;sinset<0.00sec>^ysql>2,去掉allComplexesCore.csv第一行、然后导入id和namenysql>createtablepro_conple

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