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1、本科毕业论文（20届）东海陆架沉积物细菌多样研究专业：生物科学1目录摘要IAbstractII引言11材料与方法31.1材料31.1.1样品31.2实验方法51.2.1样品处理51.2.2沉积物DNA的提取61.2.3沉积物基因组总DNA的电泳检测71.2.4PCR反应体系71.2.5PCR反应条件81.2.6PCR产物的纯化81.2.7沉积物中细菌16SrDNA基因克隆文库的构建及测序81.2.8系统发育分析101.2.9温度梯度凝胶电泳(TGGE)分析122结果与分析132.1DNA的提取、纯化和PCR扩增132.2克隆文库的构建及测序142.3沉积物中细菌多样性及系统
2、发育分析143讨论25小结27参考文献28附译文30致谢451摘要[摘要]东海是世界上著名渔场，其生态系统的动态平衡是渔场可持续健康发展的基础。细菌作为海洋微生物中分布最广、数量最大的一类生物，其对海洋生态系统动态平衡的维持具有重要的理论和现实意义。本次研究通过构建16SrDNA克隆文库，对东海陆架沉积物中的细菌类群组成进行了系统进化分析。最后共得到了85株有效克隆，其中39个克隆与数据库中的序列相似度较高（96%-99%）。结果表明该海区沉积物中的细菌类群主要包括变性细菌门（α、γ、δ-proteobacteria），酸杆菌门（Acidobacteria），拟杆菌门（Ba
3、cteroidetes），疣微菌门（Verrucomicrobia），放线菌门（Actinobacteria）,厚壁菌门（Firmicutes）6个细菌门。另外，有30.5%(26/85)的细菌是属于根据目前数据库中的序列还无法进行分类的类群。其中γ-proteobacteria为最占优势菌群，δ-proteobacteria为次优势菌群。拟杆菌类群中的细菌包括了3株黄杆菌（Flavobacteria）及4株拟杆菌(Bacteroidetes)。通过对细菌类群的分析表明了文库中的细菌多样性是比较高的，而且存在了大量未获培养的细菌，代表着新的微生物属种，有待更深入的研究。[关
4、键词]东海；陆架沉积物；细菌多样性；16SrDNA克隆文库11Abstract[Abstract]TheEastChinaSeaistheworldfamousfishinggrounds,thedynamicbalanceofitsecosystemisthebasisforthehealthydevelopmentofsustainablefisheries.Bacteria,asorganismhavethemostwidelydistributedandthelargestnumberinthemarinemicroorganism,haveanimportantt
5、heoreticalandpracticalsignificanceonthedynamicbalanceofmarineecosystems.Inthisstudy,weanalyzedthebacterialcommunityoftheEastChinaSeacontinentalshelfsedimentbyconstructing16SrDNAclonelibraryandphylogenetiatreeanalysisandsoon.Finally,weobtained85clones,and39cloneshavehighsequencesimilaritywi
6、ththedarabase(96%-99%).TheresultshowedthatthissedimentinculdeProteobacteria(α,γ,δproteobacteria),Acidobacteria,Bacteroidetes,Verrucomicrobia,Actinobacteria,Firmicutes.Inaddition,30.5%(26/85)ofbacteriaarebasedoncurrentsequencesinthedatabasecannotbeclassified.Whereγ-proteobacteriawasthemostd
7、ominantbacteria,δ-proteobacteriaasthesub-dominantflora.Bacteroidesgroupofbacteriaincluding3strainFlavobacteriaand4strainBacteroides.Throughtheanalysistothebacterium,itshowedthatbacterialdiversityofthelibraryisveryhigh,andmostofthemareuncultured,thisrepresentth
