鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及进化亲缘关系研究

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1、分类号：１８１．２单位代码：１０１８３研究生学号：２０１５７２Ｄ０４０密级：公开吉林大学硕士学位论文专业学位（）鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及进化亲缘关系研究ｗ－－ＴｙｐｉｎｇｉｔｈＭｕｌｔｉｌｅＬｏｃｕｓＶａｒｉａｂｌｅＮｕｍｂｅｒＴａｎｄｅｍＲｅｐｅａｔｐＡｎａｌｙｓｉｓｆｏｒＹｅｒｓｉｎｉａｐｅｓｔｉｓａｎｄＳｔｕｄｙｏｎｔｈｅｅｎｅｔｉｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｇｐ作者姓名：马娜类别：公共卫生硕士领域（方向）：疾病预防与控制

2、指导教师：甄清副教授培养单位：公共卫生学院２０１８年１９月鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及进化亲缘关系研究TypingwithMultiple-LocusVariable-NumberTandemRepeatAnalysisforYersiniapestisandStudyonthegenetirelationship作者姓名：马娜领域（方向）：疾病预防与控制指导教师：甄清副教授类别：公共卫生硕士答辩日期：2018年12月2日未经本论文作者的书面授权，依法收存和保管本论文书面版本、

3、电子版本的任何单位和个人均不得对本论文的全，部或部分内容进行任何形式的复制、修改、发行、出租、改编等有碍作者著作权的商业性使用（但纯学术性使用不在此限）。否则，应承担侵权的法律责任。吉林大学硕士学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交学位论文，是本人在指导教师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中己经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体己经发表或撰写过的作品成果。对本文的研宂做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承

4、担。学位论文作者签名日期：年Ａ月ｉ日缩略语表英文缩写英文全称中文全称bpbasepair碱基对CRISPRsclusteredregularlyinterspaced成簇的规律间隔的短回文shortpalindromicrepeats重复序列DNADeocayribonucleiacid脱氧核糖核苷酸ISCPinsertionsequence插入序列周围DNA多态性contextplymorphism分析技术ISinsertionsequence插入序列周围DNA多态性分析技术MLVAMultiple-l

5、ocusvariable-number多位点可变数目串联重复tandemtepeatanalysis序列分析PCRPolymerasechainreaction聚合酶链式反应PFGEpulsed-fieldgelelectrophoresis脉冲场凝胶电泳技术RAPDrandomamplifiedpolymorphism随机引物扩增多态性DNA分析技术RFLPrestrictionfragment限制片段长度多态性分析lengthpolymorphismrpmtotationperminute转/分UPGMAunwe

6、ightedpair-group非加权组平均法methodwitharithmeticmeansVNTRVariable-numbertandemtepeat可变数目串联重复序列Y.pestisYersiniapestis鼠疫耶尔森菌TRFtandemrepeatfinder软件名称中文摘要鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及进化亲缘关系研究目的：利用MLVA基因分型技术，通过对我国不同地区的鼠疫耶尔森菌DNA模板进行基因分型工作，探讨不同地区的基因分型情况及亲缘关系，为我国鼠疫耶尔森菌溯源提供更丰富的数

7、据库及资料。方法：本研究选取的样本由中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室在2017年提供，来自不同地区的鼠疫耶尔森菌DNA模板共180株。其中甘肃省11株；西藏自治区40株；四川省31株；新疆自治区37株；青海25株；内蒙古自治区36株。本实验选用“14+12”分级分型方案，一共26个VNTR位点进行MLVA分型，其中14个位点进行每个地区的菌株分型，针对14位点分型后菌株数量较多MLVA型再利用12位点进一步再分型。经实验分析后得出各位点的重复数，经过软件BioNumerics聚类分析后得到各位点的分辨指数，

8、本研究以分辨指数相似度大于60%的分为一个基因群组，分辨指数完全相同的分为一个基因型。绘制聚类图及最小生成树。结果：1.菌株DNA基本特征：本研究菌株选自全国的15个生态型及3个生物型，其中新疆菌株生态型最多，有5个生态型；甘肃菌株有4个生态型；青海有3个生态型；西藏、四川和内蒙古菌株分别只有2个生态型。新疆和甘肃分别有古典型和中世纪型菌株，四