（江南）梨S基因芯片的OLIGO探针设计

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1、梨S基因检测芯片的OLIGO探针设计江南12谭晓风$(1•湖南工业大学绿色包装与生物纳米技术应用湖南省重点实验室，湖南株洲412008;2.中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室，湖南长沙,410004;)摘要：结合本实验室对梨自交不亲和S-RNase基因的研究及Genbank屮梨S-RNase基因信息，利用生物学比对软件Genedoce对梨S-RNase等位基因序列进行比对，得到等位基因HV区的特异序列；用oligo6.6>PremierPremier5.0和Clustal.W等

2、生物学软件设计特异性高、Tm值接近、长度均一的oligo探针，结果获得了24条32me的oligo探针，为后期梨品种S基因芯片的制备及梨品种口交不亲和性S-RNase基因和基因型的检测打下了基础。关键词：梨，自交不亲和性，S-RNase,oligo探针DesignofOligonucleotideProbesonDetectionGenechipofPearS-RNaseGenotypei227Jiangnan'TanXiaofeiVZhanglin"(1.KeyLaboratoryofGree

3、nPackagingandBiologicalNanotechnology,HunanUniversityofTechnology,Zhuzhou412008,Hunan,Zhuzhou;2.TheKeyLab.ofNon-woodForestProductofForestryMinistry,Central-southUniversityofForestryandtechnology,Changsha410004,Hunan,Changsha)Abstract：Todesignoligonuc

4、lcotidcprobesformicroarraydetectionofpearsclf-incapabilitygene・Byanalyzingallelesofpearself-incapabilitywithGenedoceprogram,agroupofspecificsequenceofhypervariableregion(HV)ascandidateregionwasacquired.oligo6.69,PremierPremier5.0andClustal.Wsoftwarew

5、ereappliedtoanalyzethecandidatetoselecttheprobes.24oligonucleotideprobeswithhighspecifility,identicallengthandsimilarmeltingtemperature(Tm)weredesigned,whichwillprovideafoundationforpreparationofS-RNasegenechipsasamicroarrayfordetectionofS-RNasegenea

6、ndS-genotypefrompearcultivars・Keywords:pear;self-incompatibility;S-RNase;oligonucleotideprobe梨是一种配子体自交不亲和的世界性水果⑴,其自交不亲和性受单一位点的复等位基因(S基因)控制⑵。在梨生产栽培中，授粉品种间的亲和性取决于两个品种的S基因型，基因型相同，则为杂交不亲和，否则为杂交亲和。因此，研究梨品种的自交不亲和性及鉴定梨品种的S基因型是保证梨丰产栽培的重要前提。目前确定梨品种的S基因型的常用方法主

7、要有杂交授粉试验、PCR-RFLP技术、DNA序列测定技术、cDNA克隆及序列分析方法等®叫生物芯片是近几年來在生命科学领域中发展迅速的一项新技术，和传统的分子生物技术相比，具有快速、高效、敏感、平行化、自动化等特点，在序列分析，基因表达、基因检测等领域显示出很好的应用前景。本研究提出了运用基因芯片技术确定梨品种S基因型的新方法。本文报告根据GENEBANK数据库屮的生物学信息，结合本实验室研究成果，利用生物学软件oligo6.69,PremierPremier5.0及Clustal.W等软件，

8、设计梨栽培中常见的梨品种中的12个S等位基因32mer的特异性Oligo探针共24条，为下一步制备梨S基因检测芯片奠定基础。1材料与方法1.1常见梨品种的12个S等位基因序列作者：江南，1968年生，硕士，副教授，主要研究方向：分子生物学根据GenBank的生物学信息，结合本实验室的研究成果，获得38个梨品种S等位基因的序列(有发表文献支持)。选择梨栽培品种屮常见的12个S等位基因设计探针(括号内为GenBank登陆号)：Sl(AB002139)、S2(AB014073)、S4(ABO14072