引物设计oligo6

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1、引物设计Oligo软件应用简介1.单击file菜单再点open或点击”打开〃快捷图标或者用快捷键1XTrl+O〃可打幵下面的窗口2.在打开的OPEN窗口内选择FreqSeq再点”打开"乳

2、Bd

3、苗

4、B

5、倒其

6、喇却么

7、HHBj文件名氓）：1drosfr打卵）文件类型1NucleicAcidFiles(*.seq)▼

8、取消JOpenas:(NucleicAcid」Previewhumanfrmousefrratfrwheatfryeastfr3.选择dros什或者其它一个文件点击”打开"FileCh

9、angeViewHelpOpen查挽范围（1）:

10、FreqSeqdrosfr■Fj»f*4出现以下窗口，点击”window"再点击"Tile"•OLIGO-drosfr□回区1FileEditAnalyzeSearchSelectChangeView10s

11、ad

12、s

13、H

14、e

15、纠屬

16、e

17、纠权SSLDendrosfr-Frequenciesof6-風ers[GBPRI.FR6]D^idrosfr-InternalStabilityDadrosfr-BeltingTemperature[21->er]

18、□回®□fnlfx5.出现以下窗口，图中显示的三个指标分别为Tm、AG和Frq,其中Frq是6.0版本的新功能，为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。因为分析要涉及多个指标，起动窗口的cascade排列方式不太方便，可从windows菜单改为tile方。如果觉得太拥挤，可去掉一个指标，如Frq，这样界面的结构同于Oligo5.0,只是显示更清楚了。AG值反映了序列与模板的结合强度，最好引物的AG值在5'端和中间值比较髙,而在3'端相对低

19、（如图：）Tm值曲线以选取72°C附近为佳,5'到3'的下降形状也有利于引物引发聚合反应。Frq曲线为”Oligo6"新引进的一个指标，揭示了序列片段存在的重复机率大小。选取引物时，宜选用3'端Frq值相对较低的片段。出现以下窗口，点OK就OK了。当然你也可以点击”Prameters〃和“SearchRange〃选择你要的参数和你上下游引物的位H及你扩增产物的长度,LIGO-drosfrEPFileEditAnalyzeSearchSelectChangeViewWindowHelpSearch

20、forPri>ersandProbesdrosfr-畺elt✓+StrandSearciStrandSear«Tm80.0；70.0-60.0-50.0-40.0ollpper!CTGTTCTACGACAAGATG—AGdrosfr—Int•13.0•12.0-11.0-10.0-3.0-8.0PCR

21、~ConsensusPrimerCompatiblePaiComplexSubstratCCompatiblewiththeUpperPCCompatiblewiththeLowerFCSeque

22、ncingPrimer(hybridizationProDuplex"freeOligonucleolHighlySpecificOligos-endOligonucleotidewitKGCCZEliminateFalsePrimingOligonucI「andContinueAboveSearchinOther

23、OligonucleotideswithinSelectedStabiHairpin-free01igonucle

24、epEliminateFrequent01CancelSearchRangesPara/netersIDefaultsISearchMode：MarkUnmarkrfl30;TATGTGTTCATATGATTT:ATACACAAGTATACTAAA807.出现SearchStatus窗口，点”OK〃8.出现Primerpairs窗口，#代表引物对的编号，依次为引物对所处的位置、产物的长度、最适合的退火温度和GC的百分含量9.点击任一行出现，CR〃窗口，告知你扩増片断的位置，最合适的退火温度等等信

25、息点击任一行出现”PCR"窗口，告知你扩増片断的位置，敁合适的退火温度等等信息。点击任一行出现”PCR"窗口，告知你扩増片断的位置，最合适的退火温度等等信息。关掉”PCR窗口〃和”primerPairs窗口〃回到原来的窗口你就能看到你引物的序列和位置，图中手型鼠标所指即为引物序列。至此引物设计己经完成，你可以用”Analyse"菜单分析你的引物：有无引物二聚体、发卡结构等等。当上下游引物全选好以后，需要对引物进行评价并根据评价对引物进行修改。首先检査引物二聚体尤其是3'端二聚体形成的可能性。需要