分子模拟实验报告-氢键络合物

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1、分子模拟实验20160928分子模拟实验报告一、甲酸/水氢键络合物几何结构优化（HF/6-31G*）名称结构能量/Hartrees氢键长度ΔE/HartreesH2O-76.01075--HCOOH-188.76231--HCOOH+H2O-1-264.77867RH(1)-O(3)=2.512ÅRH(5)-O(6)=2.321Å-0.00561HCOOH+H2O-2-264.79021RH(8)-O(2)=2.139ÅRH(5)-O(6)=1.918Å-0.01715HCOOH+H2O-3-264.78172RH(7)-O(2)=2.161ÅRH(4)-O

2、(6)=2.654Å-0.00866分子模拟实验20160928HCOOH+H2O-4-340.80306RH(5)-O(6)=2.128ÅRH(11)-O(3)=1.981ÅRH(1)-O(9)=2.336Å-0.01925一、尿素/水氢键络合物几何结构优化（PM3）名称结构能量/Kcal/mol氢键长度ΔE/Kcal/molH2O-53.43--Urea-40.93--Urea+H2O-98.56RH(11)-O(4)=1.815ÅRH(7)-O(9)=1.849Å-4.20分子模拟实验20160928一、甘氨酸/水氢键络合物几何结构优化（PM3）名称结

3、构能量/Kcal/mol氢键长度ΔE/Kcal/molH2O-53.43--Gly-93.47--Gly+H2O-1-149.79RH(11)-O(4)=1.815ÅRH(7)-O(9)=1.849Å-2.89Gly+H2O-2-148.79RH(13)-O(4)=1.827ÅRH(10)-O(11)=1.848Å-1.89Gly+H2O-3-152.82RH(12)-O(3)=1.821ÅRH(7)-O(11)=1.781Å-5.92分子模拟实验20160928一、尿素/甘氨酸氢键络合物几何结构优化（PM3）名称结构能量/Kcal/mol氢键长度ΔE/Kc

4、al/molUrea-40.93--Gly-93.47--Urea+Gly-1-143.40RH(12)-O(7)=1.916ÅRH(15)-O(4)=1.793Å-9.00Urea+Gly-2-151.49RH(15)-O(3)=1.807ÅRH(8)-O(11)=1.760Å-17.09Urea+Gly-3-147.70RH(15)-O(3)=1.818ÅRH(7)-O(11)=1.822Å-13.30二、自我测评本次实验构建了多种氢键络合物，优化其结构记录氢键长度并计算氢键能量。对于甲酸/水氢键络合分子模拟实验20160928物在HF/6-31G*理论

5、水平优化结构。对于尿素/水、甘氨酸/水和尿素/甘氨酸络合物使用PM3方法优化结构。由结果可以看出不同种类的氢键相互作用能量差异很大。总体来看，O（N）—H…O(N)氢键强度远高于C—H…O(N)氢键，因此HCOOH+H2O-2与HCOOH+H2O-2氢键强度接近，虽然HCOOH+H2O-2中多了一根氢键，但多出的是一根C—H…O氢键，所以对整体的氢键强度提升贡献不大。