Primer Express v3.0 中文操作手册

《Primer Express v3.0 中文操作手册》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、PrimerExpressOperationGuidePrimerExpressv3.0PrimersandProbeDesignForReal-TimePCRPrimerExpressOperationGuidePrimers/ProbesDesignGuidelineTaqManProbePrimerProbe與Primer的距離愈近愈好,PCR產物大小建議在50-150bp為最佳G/C%為30-80%避免有重複序列的出現，尤其避免4個以上G的出現Tm值:68-70℃(Quantificationassay)Tm值:58

2、-60℃65-67℃(AllelicDiscriminationassay)Probe長度:Primer長度:13~25bases(TaqManMGBprobe)20bases(Optimal)13~30bases(TaqManprobe)避免連續6個A的序列出現3’端的前五個序列裡不能超過2個C+G5’端第一個序列不能為G(如果選擇FAM-dye在5’端第二個序列也不能為G)b選擇C比G多的strand當作probe避免3’端的前4個序列裡含有3個或以上Ga(GGG-MGB-3’orGGAG-MGB-3’)a避免probe

3、的中間區域含有2個或以上的CCdi-nucleotidesa:針對TaqManMGBprobeb:參數可選擇設定2PrimerExpressOperationGuidePrimers&ProbesforQuantificationAutomaticallyDesign進入PrimerExpress3.0軟體File→New→選擇“TaqManMGBQuantification或TaqManQuantification”→OKTools→按“AddDNAFile”，尋找序列存取位置，按下”Add”，將序列檔案加入空白文件。亦可

4、在”Sequence”Tab中使用Copy&Paste轉貼或直接輸入序列。*PrimerExpressSoftware只能接受.dan,.txt,.ab1,或.abi的檔案格式,請事先將欲分析的序列存成純文字檔即可(若序列是從databasedownload下來時,請刪除與序列無關之資料)3PrimerExpressOperationGuide可勾選”DoubleStrand“,即會顯示doublestrandedDNAsequenceTools上的選項1.Exclude:不必要的序列可利用”ExcludeSelectedB

5、ases”將序列刪掉-先選取不要的序列範圍，點選“Exclude”，即可看見此區域被劃掉4PrimerExpressOperationGuide2.Junction:如果已經知道序列上junction位置則可利用”Junction”-框選juction的位置(必須含2bases)，再點選“Junction”，即可看見此區域被紅色標記起來。3.在”Parameters”Tab中可看到Primer/ProbeTm值設定及其他Primers/Probe設計之規範5PrimerExpressOperationGuide回到”Sequ

6、ence”Tab，Tools→FindPrimers/Probes，軟體即開始找尋適當的Primers/ProbepairsPrimerExpress軟體會找到CandidatePrimers&Probepairs，一次search最多能找到50種組合，這些組合列於”Primers/Probes”Tab中。中間”Location”說明primers&probes在序列中的相對位置，在橫線上方的數字代表起始位置，橫線下方則代表終止位置。”Sequence”Tab中會顯示出與”Primers/Probes”Tab相對應的一對Pr

7、imers/Probe:粉紅色片段是Probe的位置，藍色代表ForwardPrimer，黃色片段則為ReversePrimer，如下圖所示。(*但並不表示此為最佳的設計)6PrimerExpressOperationGuide在”Primers/Probes”Tab中會將每對Primers/Probe的組合列出來，請從中挑選出適當的組合，挑選方式可依據第2頁primer/probedesignguideline。在MGBProbe的篩選中，亦可在”Parameters”Tab中加選”C”比”G”多的序列作為進一步篩選的參數

8、。決定primer/probeset之後則可進行存檔，存檔的方式從File→SaveAs存檔。如果想將所選擇的primer/probeset單獨儲存，可利用Export→OrderInfo…的方式，或者要儲存50個Primers/Probes清單，可點選Export→Primers/Pro