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《分子模拟与计算化学Lec07软硬》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、分子模拟与计算化学计算化学的软硬件HardwareandSoftwareforComputation计算化学的工具计算化学的基本工具是计算机计算机包括两方面:硬件和软件计算机硬件的特点CPU个数:快,多,内存:大,快主板:稳定,显示器,显卡:通用,常见其它:一般主频高(2.0-3.0GHz),双CPU,多核CPU(双核,四核)1G,2G,4G,8G网络:千兆网局域网华硕等大品牌常见网卡Nvidia显卡,InsightII计算软件的特点稳定支持并行支持大内存首选Unix/Linux系统Windows:个人使用Linux:计算使用Linux简介常用系列:Redhat7.2→8.0→9.0企业版系列
2、2.1→3.8→4.4→5.0支持的硬件越来越多,但跟不上硬件的发展其它系列:SuSE系列,FedoraCore系列,Debian系列,Ubuntu系列,BSD系列版权:GNU(通用公共授权)Linux的架构多用户系统:root为管理员,最高权限,管理系统和用户文件系统以”/”为最高的根目录,所有文件,目录,硬件设备(硬盘,光驱)都是一个文件或目录其文件格式是ext3,不是FAT32或NTFS,但是它可以读写FAT32文件,无法读写NTFS文件Linux的启动选项Linux可启动为字符界面和视窗界面文件/etc/inittabid:3:initdefault:字符界面id:5:initdefa
3、ult:视窗界面字符转视窗界面:startx字符界面可以少使用内存100-400MBGaussian计算采用字符界面InsightII计算使用视窗界面搭建模型,字符界面计算Linux文件系统/bin:可执行的命令/dev:设备目录/etc:大多数设置文件,Linux启动,网络等/home:所有用户都在此/lib:库文件/usr:更多的命令,库文件,图形界面/root:管理员的主目录/sbin:系统命令,一般设置和查看系统信息Linux文件的属性Linux用户分为不同的组对于每个文件有三类用户:文件所有者与文件所有者同组的其它组的用户文件的属性:可读(r),可写(w),可执行性(x)文件的目录属
4、性(d)文件属性表示–rwxrwxrwxdrwxr-xr-xdrwx------Linux基本命令:ShellLinux下人与机器的交流是通过shell进行的Shell是一系列Linux命令以及类似c语言的控制结构组成可以用一个命令完成一件事情也可以把命令用控制结构组合起来完成复杂的重复劳动的事情,shell编程用户登录login:用户名password:密码登录进去exit(退出)Linux下的输入与输出输入:命令<文件输出:命令>文件附加:命令>>文件管道:命令
5、命令Linux文件名的通配符*:任意个字符,*.log所有的log文件?:单个字符,CH?.log:CH1.logCH2.log
6、,…,Cha.log,…Linux的简单命令cat:在屏幕上显示文件的内容cat文件1文件2…cat文件1文件2…>文件a把文件串起来放在另一个文件中head–n显示文件的前n行tail–n显示文件的最后n行tail–f文件名:监测文件的输出情况Linux的简单命令grepgrep字符串文件名grep“SCFDone”CH3COOH.loggrep–i“SCFDone”CH3COOH.logcpcpfileafileb文件拷贝cp–rdirAdirB目录拷贝Linux的简单命令lsls显示当前目录下文件和目录ls–l显示详细信息ls–a把隐藏目录和文件(以.开头的文件)也显示.bashrc和.
7、cshrc登录时自动执行的命令文件,设置环境变量等mkdir目录名:创建目录rm文件名:删除文件;rm–r目录名:删除目录Linux的简单命令ps进程ps–e查看所有进程top动态查看系统运行情况q退出top状态kill-9进程号:结束此进程Linux的简单命令dos2unix文件名:把DOS/windows格式的文件转换为Unix/Linux文件格式df:查看磁盘剩余空间cd:改变目录~:用户主目录..:上一级目录chmod:改变文件属性chmod755文件名:–rwxr-xr-xchmod+x文件名:此文件变得可以直接执行Linux的简单命令/sbin/ifconfig:查看本机的IP地址
8、多机并行计算必须使用静态IP地址env:查看现在的环境变量gzip,gunzip:压缩的解压缩后缀为.gz的文件tar:打包文件tarcvfaa.tar目录A:把目录A打包成文件tarrvfaa.tar目录B:把目录B添加到文件中tarxvfaa.tar:把文件报解开在本目录下Gaussian在Linux下的安装安装系统建立用户gau以gau登录下载软件包在/home/gau目录下解压缩包:gun
