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时间:2019-06-21
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1、一、NCBI上下载基因序列、mRNA、CDS序列的方法1.打开NCBI网站,第一个框选择Gene,第二个框输入基因名称,如ALK基因,点击Search。2.进入第二页面后,会看到如下一系列跟ALK基因相关的信息,根据description和location的信息,找到自己需要的基因。空色框中表示的是物种,我需要的是人类的基因,故选择第一个。点击ALK,进入下一个页面。1.进入后,会看到以下关于ALK基因的详细信息:这些信息可以略过,往下查看,点击下图红色框中的SeeALKinGenomeDataViewer,进入下个页面。1.进入后会看到如下
2、页面,:将鼠标箭头放在图中红色框中的绿色线上2--5秒,不用点击。会看到下面的界面:(有些基因会出现好几个,根据自己的要求选择)第一个红色框中:NP004295.2表示蛋白质序列,NP代表蛋白质,004295是编号,后面的.2代表更新状态,数值越大,版本越新。NM004304.4表示mRNA序列,NM表示mRNA,004304是编号,后面的.4代表更新状态,数值越大,版本越新。第二个红色框中:CCDS33172.1表示CDS序列,CCDS表示CDS,命名规则同上。第三个红色框中:NC000002.12(29,192,774...29,921,
3、611)表示完整的基因序列,NC表示基因组。括号中的数字表示这个基因的碱基长度,从29,192,774bp到29,921,611bp。要下载蛋白序列、mRNA序列、CDS序列、基因序列,直接点击红色框中的链接即可。1.这里下载基因序列,点击后出现如下界面:点击右边的Sendcompleterecordfileformat(有好几种格式)CreateFile。常用的是FASTA格式和GenBank格式。GenBank格式保存的信息更全面。至此就把ALK基因的序列下载了。二.几种代号的意思
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