DGGE技术在动物胃肠道微生物研究中的应用

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1、生物技术通报·技术与方法·BIOTECHNOLOGYBULLETIN2010年第6期DGGE技术在动物胃肠道微生物研究中的应用1，21，21，21，2尹永志郭春华黄艳玲常晶1，21，233艾丹王永付锡三朱万岭12(西南民族大学生命科学与技术学院，成都610041;国家民委动物科学重点实验室，成都610041;3四川省乐至县科技局，资阳641500)摘要:变性梯度凝胶电泳(DGGE)是通过聚丙烯酰胺凝胶中变性剂浓度梯度的不同，将序列不同的DNA分开。目前，该技术已广泛应用于瘤胃微生物、肠道微生物等多样性研究。综述了变性梯度凝胶电泳技术的基本原理、优缺点及其在动物营养

2、中的应用。关键词:变性梯度凝胶电泳微生物多样性ApplicationofDGGEtoStudytheAnimalRumenandIntestinalMicrobes1，21，21，21，2YinYongzhiGuoChunhuaHuangYanlingChangJing1，21，233AiDanWangYongFuXisanZhuWanling1(CollegeoflifeScienceandTechnology，SouthwestUniversityforNationalities，Chengdu610041;2StateEthnicAffairsCommiss

3、ionAnimalScienceKeyLaboratory，Chengdu610041;3LezhiCountyScienceandTechnologyBureauofSichuanProvince，Ziyang641500)Abstract:DGGE(denaturinggradientgelelectrophoresis)canseparateDNAofdifferentsequencebythedifferentdenaturingconcentrationgradientinpolyacrylamidegelAtpresent，thetechnology

4、hasbeenwidelyusedinstudyofdiversityofrumenmicrobes，intestinalmicrobiotaInthispaper，thebasicprinciple，advantagesanddisadvantagesandapplicationofDGGE(denaturinggradientgelelectrophoresis)inanimalnutritionwereintroducedKeywords:DGGEMicrobesDiversity动物肠道、瘤胃微生物复杂多样，形成一个相对变性剂浓度梯度的不同，将序列不同

5、的DNA分开。［1］稳定平衡的微生态系统，对其生长和健康起着非常从Muyzer等首次运用DGGE技术研究土壤环境重要的作用。传统培养方法研究动物体内微生物存的微生物区系以后，该技术已迅速用于其它微生物［2-4］在很多缺陷，尤其是缺乏准确性，操作步骤繁琐。近的研究。DGGE技术目前应用于营养方面主要年来，随着分子生物学技术的发展，基于16SrRNA、是分析肠道、瘤胃等微生物多样性，阐明不同饲养条18SrRNA分子技术促进了动物体内微生物研究的件下对动物体内的微生物如何影响。就DGGE的发展，尤其是被称为DNA指纹技术的变性梯度凝胶基本原理、优缺点及其在胃肠微生物研究

6、的应用进电泳(denaturinggradientgeleletrophoresis，DGGE)研行概述。究微生物多样性以来，受到越来越多科学工作者的1DGGE基本原理关注。变性梯度凝胶电泳是通过聚丙烯酰胺凝胶中DGGE技术是基于对16SrRNA或18SrRNA中收稿日期:2010-01-27基金项目:国家科技支撑计划(2008BADC2B00)作者简介:尹永志，男，在读硕士研究生，研究方向:动物营养与饲料学;E-mail:yinyongzhiok@126com通讯作者:郭春华，女，教授，博士，主要从事动物营养与饲料科学的教学与科研工作;E-mail:wwwgc

7、h33@yahoocomcn2010年第6期尹永志等:DGGE技术在动物胃肠道微生物研究中的应用91具有保守性、可变性和分子量适中的基因序列(一扩增的目的片段的解链性质适宜的化学变性剂浓度般100－500bp)进行扩增，在一段引物的5′端附加梯度和温度梯度进行分析，选择最佳的电泳条件。上30－50bp的“GC夹板”(GC-clamp)形成一个人为了使差异仅有一个碱基的DNA片段得到更好的工高温解链区，使双链DNA分子在梯度变性凝胶中分离效果，一般选用垂直凝胶电泳进行梯度优化，选逐渐解开但不彻底解离，而序列不同的DNA分子有择最佳化学变性剂浓度梯度，选用间歇法水

8、平凝胶着不