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《在pcr_dgge研究土壤微生物多样性中应用gc发卡结构的效应》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、第23卷第10期生态学报Vol.23,No.102003年10月ACTAECOLOGICASINICAOct.,2003在PCR-DGGE研究土壤微生物多样性中应用GC发卡结构的效应罗海峰,齐鸿雁,薛凯,王晓谊,王川,张洪勋(中国科学院生态环境研究中心环境生物技术研究室,北京100085)摘要:应用普通细胞裂解法提取3株实验菌株(EscherichiacoliDH5,StaphylococcusaureusSA-1和A-grobacteriumtumerfaciens13129)的基因组DNA和应用基于高盐和长时高热的细胞裂解法提取7种不同土壤样品中的微生物的基因组DNA,两组不同结构
2、的引物F357GC,R518(在正向引物的5′端有GC发卡结构)和F357,R518,分别对实验菌株和土壤样品中微生物的16SrRNA基因V3区进行扩增,均得到了目的片段。比较了不同引物扩增的16SrDNA片段在DGGE中的不同电泳行为,结果表明,含GC发卡结构的PCR扩增产物在DGGE中能够得到很好的分离,而无GC发卡结构的PCR产物则不能在DGGE中获得满意分离。引入GC发卡结构,使得对不同微生物的定性和分类更深入细致。关键词:PCR-DGGE;微生物多样性;GC发卡结构InfluenceofapplicationofGC-clamponstudyofsoilmicrobialdi-
3、versitybyPCR-DGGELUOHai-Feng,QIHong-Yan,XUEKai,WANGXiao-Yi,WANGChuan,ZHANGHong-Xun(EnvironmentalBiotechnologyLab.,ResearchCenterforEco-EnvironmentalSciences,ChineseAcademyofSciences,Beijing,100085,China).ActaEcologicaSinica,2003,23(10):2170～2175.Abstract:AsanewDNAfingerprintingtechnique,denaturin
4、ggradientgelelectrophoresis(DGGE)wasusedtoanalyzethemicrobialdiversityindifferentenvironmentalsamples,whichhasgivenpeoplenewideasofstudyingthemicrobialcommunityinsoil.Thistechniqueisbasedonthedirectextractionofge-nomicDNAfromsoilsamples,theamplificationof16SrRNAgenes(V3region)byusingthespecificpr
5、imersandtheseparationofthePCRproductsbyDGGE.Threestrains(EscherichiacoliDH5,Staphy-lococcusaureusSA-1andAgrobacteriumtumerfaciens13129)andsevensoilssampledindifferentplacesanddifferentdepthswereusedinthisstudytoevaluatetheinfluenceofGCclampontheresultofbacterialdiversitybyPCR-DGGE.ThegenomicDNAo
6、fthreestrainsandthesoilsampleswereextractedbyatra-ditionalcelllysismethodandacelllysismethodbasedonthehighNaCl(1.5mol/L)andlong-timehightemperture(65℃for2hours)respectively.Then,16SrDNAfragments(16SrRNAgeneV3region)wereamplifiedbyusingtwosetsofspecificprimersF357GC,R518withaGCclampin5′endofthefor
7、wardprimerandF357,R518withoutaGCclamp.ThePCRproductsamplifiedbytwosetsprimersandseparatedbyDGGErespectively.Theresultsshowedthatthe16SrDNAfragmentswithaGC-clamp(amplifiedby基金项目:国家“十五”科技攻关重点资助项目(2001BA903B)收稿日期:2003-03-
