藏鸡MHC+BG基因的遗传多样性研究

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1、西藏大学硕士学位论文藏鸡MHCB-G基因的遗传多样性研究姓名：商鹏申请学位级别：硕士专业：预防兽医学指导教师：强巴央宗20090501西藏大学农牧学院硕士学位论文摘要鸡的主要组织相容性复合体(Majorhistocompatibilitycomplex，MHC)B-G基因为禽类所特有，它与编码MHCⅠ类和Ⅱ类抗原的基因紧密连锁，定位于16号中等微小染色体上；由其所编码的高度多态的B-G抗原是MHC抗原的组成部分之一，称为鸡MHCⅣ类抗原，又称B-G分子，是免疫球蛋白超家族的一个特别成员。根据GenBank红色原鸡MHCB-G基

2、因全序列（登陆号：NC＿006103.2）设计9对引物，对3个品种的鸡共72只鸡进行测序分析，寻找SNPs。结果发现了17个单核苷酸多态位点，即SNPs。即引物P1全基因序列的177位C→T、345位插入、511位C→T、547位T→C；引物P2全基因序列的2053位C→T、2035位和2032位T→C和T→G；引物P3全基因序列的3108位T→C、2889位T→A、2866位和2864位A→G和C→G、2822位和2816位C→T和G→C；P8引物全基因序列的6406位G→C、6329位G→A、6289位和6285位A→G和

3、G→T。分别对17个突变点前后的转录调控因子进行了预测，结果发现P1引物全基因序列第547位碱基发生的T→C转换后减少了两个可以预测到的调控元件结合位点，分别是转录因子HSF1（较高预测分值87.0）和转录因子HSF2（较高预测分值85.9）；P2引物全基因序列第2053、2035、2032位碱基分别发生的T→C、A→G、A→C转换后增加了两个可以预测到的调控元件结合位点，分别是转录因MZF1（最高预测分值94.8）和转录因子E47（较高预测分值88.5）；引物P3全基因序列第3108位碱基分别发生的A→T转换后减少一个可以预

4、测到的调控元件结合位点和增加一个可以预测到的调控元件结合位点，分别是转录因子GATA-1（较高预测分值85.3）和转录因子GATA-1（较高预测分值91.8），第2889、2866、2864位碱基分别发生的A→T、T→A、G→C转换后减少了两个可以预测到的调控元件结合位点，分别是转录因子AML-1a（较高预测分值87.4）和转录因子cdxA（较高预测分值85.0），第2822、2816位碱基分别发生的G→A、C→G转换后增加了一个可以预测到的调控元件结合位点，是转录因子SRY（较高预测分值90.0）；引物P8全基因序列第640

5、6位碱基分别发生的C→G转换后增加了一个和减少了一个可以预测到的调控元件结合位点，分别是转录因子OCT-1（最高预测分值91.8）和转录因子OCT-1（较高预测分值85.7）。其他突变点未导致任何潜在调控元件和蛋白结合位点的改变。关键词：藏鸡；MHCB-G基因；PCR-SSCP；遗传多样性I摘要AbstractChickenmajorhistocompatibilitycomplex(Majorhistocompatibilitycomplex,MHC)BGpoultryspecificgene,encodingitwitht

6、hetypeofMHCⅠandⅡantigencloselylinkedgenes,locatedinthemiddleonthe16thminutechromosome;fromtheirencodinghighlypolymorphicBGantigensoftheMHCantigenisanintegralpartofoneofthechickenMHCⅣasantigen,alsoknownasBGmoleculesareimmunoglobulinsuperfamilymembersofaspecial.GenBan

7、kundertheredjunglefowlMHCBGgenesequences(landingNo.:NC＿006103.2)designedninepairsofprimersforthreespeciesofchickenforatotalof72chickensequencinganalysis,tofindSNPs.Resultedinthediscoveryof17singlenucleotidepolymorphisms,orSNPs.Thatis,primersP1genesequenceofthe177C→T

8、,345bitinsertion,511C→T,547bitT→C;primerP2genesequenceofthe2053C→T,2035-bitand2032T→CandT→G;primerP3sequencetheentiregenomeofthe3108T→C,28