辣椒全基因组WRKY 转录因子的分析

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1、园艺学报，2015，42(11)：2183–2196.ActaHorticulturaeSinicadoi：10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0436；http：//www.ahs.ac.cn2183辣椒全基因组WRKY转录因子的分析*刁卫平，王述彬，刘金兵，潘宝贵，郭广君，戈伟（江苏省农业科学院蔬菜研究所，江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室，南京210014）摘要：基于已公布的辣椒全基因组数据，利用生物信息学方法对辣椒WRKY转录因子家族进行全面鉴定和系统命名，并在此基础上对基因分类、染色体定位、系

2、统进化关系和结构域序列保守性进行了研究。结果表明：辣椒CaWRKY家族包含71个基因，根据WRKY结构域的数量及锌指结构的特征可将其分为GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅢ等3大类，GroupⅡ又可分为Ⅱ（a）、Ⅱ（b）、Ⅱ（c）、Ⅱ（d）和Ⅱ（e）等5个亚类。辣椒12条染色体上均有WRKY转录因子分布，其中第1号染色体上分布最多，共有10个，第4号染色体上分布最少，仅有2个。辣椒每类/亚类WRKY几乎含有相同的保守基序。辣椒WRKY编码的蛋白在132~869个氨基酸范围内，平均氨基酸数量为373个。关键词：辣椒；WRKY；转

3、录因子；生物信息学中图分类号：S641.3文献标志码：A文章编号：0513-353X（2015）11-2183-14Genome-wideAnalysisoftheWRKYTranscriptionFactorFamilyinPepper*DIAOWei-ping，WANGShu-bin，LIUJin-bing，PANBao-gui，GUOGuang-jun，andGEWei（InstituteofVegetableCrops，JiangsuAcademyofAgriculturalSciences，JiangsuKeyLabor

4、atoryforHorticulturalCropGeneticImprovement，Nanjing210014，China）Abstract：Inthepresentstudy，basedontherecentlyreleasedpepperwhole-genomesequences，CaWRKYgenefamilyidentification，geneclassification，chromosomelocation，sequencealignmentandconservedstructuredomainsofCaWRKYp

5、roteinswerepredictedandanalyzedwithbioinformaticsmethods.Theresultsshowedthat71CaWRKYgeneswereidentifiedwhichwereclassifiedintothreemaingroups（Ⅰ，ⅡandⅢ），withthesecondgroupfurtherdividedfivesubgroups[Ⅱ（a），Ⅱ（b），Ⅱ（c），Ⅱ（d）andⅡ（e）].Atotalof70CaWRKYgenesweremappedto12chromos

6、omes，whereasonlyCaWRKY70wasnotmappedtoanyparticularchromosome.GenomemappinganalysisrevealedthatpepperWRKYgeneswereenrichedonseveralchromosomes（1，2，3and7），especiallyonchromosome1whichencompassesthelargestnumberof10CaWRKYgenes，whilechromosome4onlycontained2CaWRKYgenes.T

7、hepepperWRKYsfromeachgrouporsubgroupwereshowntosharesimilarmotifcompositions，andCaWRKYproteinscontained132–869aminoacidsand373inaverage.OurresultswillprovideaplatformforfunctionalidentificationandmolecularbreedingtudyofWRKYgenesinpepper.Keywords：pepper；WRKY；transcript

8、ionfactor；bioinformatic收稿日期：2015–08–03；修回日期：2015–11–09基金项目：国家高技术研究发展计划（‘863’计划）项目（2012AA100103）；江苏省自然科学基金项目（2014BK1380）；国家现代