创腾科技xxxx生命科学暑期培训班教程discoverstudio分子对接-ds_ligandfit

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1、LigandFit培训资料单击此处编辑母版标题样式创腾科技2011生命科学暑期培训班教程DiscoveryStudio分子对接单击此处编辑母版副标题样式——LigandFit方菁Copyright©2011,NeotridentTechnologyLtd.Allrightsreserved.•DSSequenceAnalysis序列分析•DSProteinFamilies-------------------------------------------生物信息学蛋白结构预测•DSMODELER蛋白-蛋白对接•DSProteinDocking结构

2、生物学-------------------------------------------•DSCSCHARMm分子力学•CFFAdvancedClassIIForcefield•MMFF分子动力学模拟•DSAnalysis计算化学-------------------------------------------计算生物学•DSFlexibleDocking单击此处编辑母版标题样式•DSLigandFit•DSLibDock受体-配体相互作用•DSCDOCKER•MCSS计算机辅助•DSDeNovoLigandBuilder药物设计-----

3、--------------------------------------•DSCatalystHypothesis药效团模拟与分析单击此处编辑母版副标题样式•DSDSCatalystStructureBasedPharmacophoreCatalystStructureBasedPharmacophore•DSCatalystBuildandDSCatalystSearch•LigandProfiler-------------------------------------------药物化学•DSQSARQSAR与组合库•DSLibrary

4、Design-------------------------------------------•ADMETDescriptorsADMET与毒理组合化学•TOPKAT-------------------------------------------晶体结构解析及优化•X-ray结构生物学DS分子对接全方位的解决方案•搜索配体与受体的单击此处编辑母版标题样式可能结合模式•对配体与受体的结单击此处编辑母版副标题样式合模式进行打分，寻找最合理的结合分子对接分类锁-钥匙模型诱导契合模型单击此处编辑母版标题样式刚性对接半柔性对接柔性对接受体、配体均为

5、刚性单击此处编辑母版副标题样式受体刚性，配体柔性受体、配体均为柔性案例分析:预测抗中风的中药分子文章思路：DS__gLigandFit筛选TCM数据库DS_CHARMm获得稳定结构单击此处编辑母版标题样式DS_QSAR预测活性单击此处编辑母版副标题样式ChenaK.C.,ChenY.C.SoftMatter2011,7,4001案例分析:K+离子通道蛋白研究文章思路：通道蛋白启动子N29DS_LigandFit研究K+通道蛋白与单击此处编辑母版标题样式N29的相互作用NH29与“打开”状态下Kv7.2结构模型的分子结合图单击此处编辑母版副标题样式(

6、A)Kv7.2结构的俯视图S5亚基的W236显示为蓝色，VSD区域残基显为绿色，其中Y127A,E130,L200和R207组成结合口袋。(B)VSD与NH29结合的正视图AsherPeretza,LiatPella,YanaGofman.PNAS.2010,107,15637PNAS.2010,107,15637–15642.(C)VSD与NH29结合的侧视图LigandFit-基于形状匹配的分子对接技术LigandFit是基于形状匹配来搜索分子间的结合构象，采用MonteCarlo方法来搜索配体分子的柔性构象空间，并具有多种打分函数（PMF、P

7、LP、LigScore……)，兼顾对接的时间与精度，同样适合于对大规模数据库进行快速精确的虚拟筛选准备受体，定义活性MonteCarloMonteCarlo方法产单击此处编辑母版标题样式位点生小分子构象集•Rigiddocking•FixedflexibletrialsFixedflexibletrials•Docking小分子构象与受体活•Variabletrials•Rigid-BodyMini-性位点形状匹配mizationonly单击此处编辑母版副标题样式•DonotminimizeDonotminimize•Powell能量最小化•Ado

8、ptedBasisNR•ConjugateGradient•Dreiding•SteepestDescentSteepes