石斑鱼感染刺激隐核虫免疫过程的转录组学分析和重要分子的功能初探

《石斑鱼感染刺激隐核虫免疫过程的转录组学分析和重要分子的功能初探》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、硕士学位论文石斑鱼感染刺激隐核虫免疫过程的转录组学分析和重要分子的功能研究分析和重要分子的功能初探作者姓名徐阳学科专业生物化学与分子生物学指导教师罗晓春教授所在学院生物科学与工程学院论文提交日期2018年5月Theanalysisofgouper'stranscriptomeandimportantimmunemolecularduringtheinfectionofCryptocaryonirritansADissertationSubmittedfortheDegreeofMasterCandidate：XuYangSu

2、pervisor：Prof.LuoXiaochunSouthChinaUniversityofTechnologyGuangzhou,China分类号：Q7学校代号：10561学号：201520133586华南理工大学硕士学位论文石斑鱼感染刺激隐核虫免疫过程的转录组学分析和重要分子的功能初探作者姓名：徐阳指导教师姓名、职称：罗晓春教授申请学位级别：理学硕士学科专业名称：生物化学与分子生物学研究方向：鱼类免疫应答论文提交日期：2018年5月12日论文答辩日期：2018年6月1日学位授予单位：华南理工大学学位授予日期：年月日答辩

3、委员会成员：主席：张雷委员：叶燕锐王斌周婷罗剑飞摘要刺激隐核虫是危害海洋经济鱼类养殖业的寄生虫之一，而对于其感染鱼类和相关，免疫应答机制尚不明确，有研究显示鱼类皮肤的粘膜免疫应答在寄生虫感染过程中发挥重要作用。粘膜免疫系统由皮肤，鳃，肠道和泌尿组织组成。对于水生动物而言，粘膜免疫尤为重要，这些组织和器官不仅是与水体密切接触的部分，还是应对病原体入侵的第一道防线。在对病原体入侵硬骨鱼的研究中，研究热点主要集中在传统的免疫器官，如头肾，胸腺等。而粘膜免疫并没有得到相应的重视。本课题选用斜带石斑鱼感染皮肤组织作为研究对象，首先从转

4、录组层面宏观的研究了皮肤在刺激隐核虫感染斜带石斑鱼后黏膜免疫系统的应答情况。转录组结果显示补体通路，趋化因子及趋化因子受体，Toll样受体通路显著富集。同时我们分析得到了一系列在感染过程中显著富集的分子。在分析转录组过程中，我们开发了一个用于富集分析，网络分析和数据可视化的软件包，用于优化分析流程。在转录组的显著差异表达基因中，我们挑选了BCR共受体和CD40/CD40L分子进行深入的序列分析和表达谱研究。鉴定了EcIFITM1和EcCD81两个BCR共刺激受体，其中EcCD81分子保守性较高。健康石斑鱼的组织分布分析显示上

5、述分子在胸腺和鳃中表达相对较高，另外在皮肤也有一定量的表达（2~3倍于肌肉）。我们推测在正常情况下皮肤可能也含有一定的B细胞，在感染后直接参与免疫过程。同时我们鉴定了皮肤，鳃两个粘膜免疫相关组织在刺激隐核虫感染斜带石斑鱼后（12小时，24小时，2天，3天，5天和7天）上述分子的表达情况。结果显示5个分子均有不同程度的上调，表明皮肤组织可能激活了本地存在的B细胞参与免疫应答；结合转录组中趋化因子的表达情况，推测有部分B细胞从中枢免疫器官迁移到皮肤中。这些分子在腮中也有部分上调，说明鳃也一定程度参与到免疫反应当中。关键词：石斑鱼

6、，刺激隐核虫，转录组，数据分析，IFITM1，CD81，CD22，CD40，CD40LIABSTRACTMucosalimmunesystemincludesskin,gill,intestinalandUrinarySystem.Thissystemisimportantforaquaculture,whichnotonlydirectlyinteractwithseawater,butalsoactasthefirstbarrieragainstpathogeninvasion.Forthoseresearchoftel

7、eost’simmunesystem,researcherusuallyfocusontraditionalimmuneorganismortissuelikespleenorthymus.However,themechanismofmucosalimmunesystemisstillunclear.Inthispaper,weuseRNA-SeqtoprofiletheoveralllandscapeoftheimmuneresponseafterC.irritans‘sinfection.TheKEGGpathwayen

8、richmentanalysisrevealedthattheComplements,Chemokines(CKs)andchemokinereceptors(CRs)andToll-likereceptorsignalingpathwayaresignificantenriched.We