面向基因的文本挖掘方法研究及其应用

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1、摘要摘要题名：面向基因的文本挖掘方法研究及应用硕士姓名：张丹导师姓名：孙啸学校名称：东南大学近年来关于基因功能、基因和疾病关系的生物医学文献大量涌现，但因其数量之多、涉及范围之广，很难靠人力完成全部的阅读来发现其中丰富的生物学知识。同时，从事基因疾病课题的研究人员，要通过大量的实验和临床数据分析才能得到出课题结论或预测，研究周期长，人力物力投入大，而且每研究一种新基因或新疾病就要重复实验过程，知识发现过程缓慢。为了能够充分利用已有的研究成果，节省人力物力，需要将文本中的生物学知识抽取出来提供给研究人员，帮助他们快速了解基因或疾病，加快相关研究的进展。

2、我们开发的基因疾病关系数据库系统，利用生物医学文本挖掘工具，从系统自动下载的生物医学文摘中抽取基因、疾病、基因本体等信息实体及其相互关系，将这些数据存储到数据库中，把非结构化的文本数据转化为可检索的结构化数据。系统提供基因、疾病、基因本体等生物学实体关联信息的检索，以及关联信息原文原句的查询，使用户全面了解感兴趣的基因或疾病，帮助用户加速相关学科的研究。此外，系统具有可视化的串联检索功能，能够利用数据库中已有的生物学实体关系，对潜在的生物学实体关系进行深度挖掘，分析出新的生物学实体关联信息，为用户相关研究的进展提供帮助。基因疾病关系数据库已存储了本体

3、信息约330万条，2000．2003年基因疾病相关的文摘约10万篇，其中经过文本挖掘处理的文摘约10000篇，生物学实体关联信息约12000条，数据仍在不断增加中。经测试，系统具有良好的生物学实体关联性，能够发现潜在的基因、疾病、基因本体相互作用网络，挖掘出新的生物学实体关系，辅助形成生物科学研究创新假设。关键词：文本挖掘，基因，生物医学本体，数据库东南人学硕．1：学位论文THESISTITLE：AbstractLiterature-miningandtheapplicationforgeneknowledgediscoveryMASTERNAME：

4、ZHANGDanSUPERVISORNAME：SUNXiaoSCHOOLNAME：SoutheastUniversityMotivation：AsknowntoUS．withtheexponentialincreaseinbiomedicalliteraturesaboutgenesfunctionandtherelationshipsamonggenesanddiseases，it’Sdifficultforscientiststokeepuptodatewithongoingresearchtoobtaintheabundantbiologica

5、lknowledgemanually．Meanwhile，toconcludeandforecasttherelationshipsamonggenesanddiseases，researchershavetomakecountlessexperimentsandanalyzeagreatlotclinicdata，whichcostsmuchtime，manpowerandmaterialresources．Moreover,peoplehavetorepeattheexperimentsandanalysisiftheyplantostudyaf

6、reshgeneordisease．Inordertotakefulladvantageofstudyfruitsandsavemanpowetandmaterialresources，itisnecessarytoprovidetheresearcherswiththebiologicalknowledgeextractedfromtheliteratures，whichwillassistthemtOknowthegenesordiseasesquicklyandimprovetheresearchdevelopment．Method：Makin

7、guseofthebiomedicalliteraturesminingt001．wedevelopedGene．DiseaseRelationshipMinersystem，whichcouldtranslateunstructuredtextdataintostructureddatabydownloadingthebiomedicalliteraturesautomatically,extractingthebiomedicalentitiesandtheirrelevantrelationshipsfromtheliteratures，and

8、finallystoringtheresultsinthedatabase．Wedesignedafrien