柑橘凤蝶和金凤基因组测定

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1、独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人或集体已经发表或撰写过的研究成果，对本文的研究做出贡献的集体和个人均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：日期：型[主!丛丛论文使用和授权说明本人完全了解云南大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留并向国家有关部门或机构送交学位论文和论文电子版；允许论文被查阅或借阅；学校可以公布论文的全部或部分内容，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文。(保密的论文在解密后应遵循此规定)研究生签名：翩签名：垒

2、丛日本人及导师同意将学位论文提交至清华大学“中国学术期刊(光盘版)电子杂志社”进行电子和网络出版，并编入CNKI系列数据库，传播本学位论文的全部或部分内容，同意按《中国优秀博硕士学位论文全文数据库出版章程》规定享受相关权益。研究生签名：导师签名：摘要蝴蝶的色彩及形态多样，是研究自然界物种表型多态性的良好实验材料。我们对柑橘凤蝶(Papilioxuthus)和金凤蝶(Papiliomachaon)进行了基因组测序和从头组装(denovoassembly)，拟为蝴蝶成为模式生物提供更清晰的遗传背景。通过对两种凤蝶基因组大小的Kmer估计，我们发现柑橘凤蝶杂

3、合度过高、无法进行后续基因组的组装，所以我们对柑橘凤蝶进行了近交饲养，将近交饲养的第三代至第五代的成虫样品用于基因组测序。我们采用454和IlluminaHiseq2000测序技术相结合，获得了柑橘凤蝶和金凤蝶覆盖度为150乘以上的基因组序列数据，组装好的柑橘凤蝶和金凤蝶基因组分别含有15322和15499个基因。在此期间我们也对柑橘凤蝶和金凤蝶进行了常规饲养观察、对其生活史各阶段和表型进行了详细记录，为后续蝴蝶的表型及功能研究提供实验材料的背景知识。我们经过对柑橘凤蝶和金凤蝶基因组测序和饲养观察，使蝴蝶向成为表型研究的模式生物更靠近一步。关键词：金凤

4、蝶；柑橘凤蝶；近交饲养；基因组测序AbstractButterfliesbelongingtotheinsectoftheorderLepidopterahavevarietyphenotypesandscalecolorswhichmayprovidegoodmaterialsforphenotypediversitystudy．Inordertoprovidemoregeneticbackgroundforbutterflies，wegeneratedthedraftgenomesequenceofPapilioxuthusandPapilioma

5、chaon．Becauseoftheexistenceofhigh-heterozygosityofPapilioxuthusgenomeaccordingtotheKmeranalysis，wegeneratedtheinbredoffspringofthethirdtofifthgenerationforsequencing．AssembledbyIlluminaHiseq2000and454sequencedata,weobtainedthe150．foldgenomecoverage．Thedraftgenomesrevealed15322an

6、d15399genesofPapilioxuthusandPapiliomachaon，respectively．Atthesametime，wetookthedetailedrecordsofthelifestagesandphenotypesofthetwospeciestoprovidethebackgroundknowledgeforfurtherphenotypicandfunctionalstudies．Thegenomesofthetwobutterfliesprovideavaluableresourcetopromotebutterf

7、lytobecomeamodelorganisminthephenotypicresearch．Keywords：Papiliomachaon；Papilioxuthus；Inbreeding；GenomeSequencing2目录摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．1Abstract⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯⋯．2第一章前言⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯4一、蝶类概述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

8、⋯⋯⋯⋯51、蝶类形态及生物学特性概述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．52、国内外蝶类分