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《应用16SrDNARFLP方法分析宁夏地区稻田土壤细菌的多样性》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。
1、生物多样性2008,16(6):586–592doi:10.3724/SP.J.1003.2008.08118BiodiversitySciencehttp://www.biodiversity-science.net应用16SrDNA-RFLP方法分析宁夏地区稻田土壤细菌的多样性*张建萍董乃源余浩滨周勇军陆永良耿锐梅余柳青(中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室,杭州310006)摘要:水稻是宁夏地区主要粮食作物,水稻种植也具有维持生态系统平衡,防止土地荒漠化等重要的生态功能。而稻田土壤细菌是维持土壤生态功能的基础。但长期以来缺乏对干旱地区稻田
2、土壤细菌多样性的认识。本研究采用非培养技术提取稻田土壤样品总DNA,构建其16SrDNA克隆文库,用PCR-RFLP分析进一步测序后聚类分析细菌群落的多样性。从稻田土样中分离获得了大于23kb的DNA片段。PCR-RFLP共得到74种酶切带型,序列分析发现77.3%的克隆序列与环境中未培养细菌的16SrDNA序列有较高的相似性,仅有22.7%的克隆序列与数据库中可培养细菌有较高的相似性,表明宁夏稻区土壤中的多数细菌尚未培养。系统发育研究发现74个序列分属于12个类群,其中变形细菌所占比例最大(37.8%),依次为酸杆菌(16.2%)、放线菌(12
3、.2%)、拟杆菌(10.8%)、绿屈挠菌(10.8%)、浮游霉菌(8.1%),另外有少量厚壁菌门、芽单胞菌门和疣微菌门细菌克隆。在变形细菌的序列中包括α、β、γ和δ4个类型,比例分别为13.5%、5.4%、12.2%和6.8%。表明宁夏稻区土壤中优势细菌类群为变形杆菌和酸杆菌,且土壤细菌类群具有丰富的多样性。关键词:水稻田,土壤细菌多样性,16SrDNA克隆文库,RFLP分析Bacteriadiversityinpaddyfieldsoilby16SrDNA-RFLPanalysisinNingxia*JianpingZhang,NaiyuanD
4、ong,HaobinYu,YongjunZhou,YongliangLu,RuimeiGeng,LiuqingYuStateKeyLaboratoryofRiceBiology,ChinaNationalRiceResearchInstitute,Hangzhou310006Abstract:RiceisoneofthemostimportantcropsintheNingxiaregionofChina,andriceplantinghelpstomaintainecosystembalanceandpreventlanddesertifica
5、tion.Soilmicrobialdiversityprovidesbasicfunc-tionsforricefieldsoilecosystems.TobetterunderstandbacterialdiversityandcommunitycompositioninNingxiapaddysoil,thetotalbacterialDNAwasextractedfrompaddysoilcollectedfromatypicalricefieldofNingxiausingthecultureindependentmethod.A16S
6、ribosomalDNA(16SrDNA)clonelibraryofsoilbacteriawasconstructed.The16SrDNAfragmentswereanalyzedbyPCR-RFLP.Furthersequencingandclusteranalysiswereconductedtoelucidatethebacterialdiversity.Over23kbDNAfragmentswereobtainedfromthepaddysoiland74MspIrestrictionendonucleasetypeswerede
7、tectedbyPCR-RFLPanalysis.Se-quenceanalysisrevealedthat77.3%ofclonesequencesweresimilartothoseofunculturedbacteriaintheenvironment,whileonly22.7%clonesequencesweremostcloselyrelatedtothoseofculturedbacteriainGenBank,suggestinggreatpotentialforundevelopedbacterialresourceswasav
8、ailableinpaddyfields.Ourphylogeneticanalysisfoundthatthesequencedclo
