狼疮易感基因PBX1单核苷酸多态性的筛选分析及其功能研究

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1、上海交通大学硕士学位论文狼疮易感基因PBX1单核苷酸多态性的筛选分析及其功能研究姓名：钱晓霞申请学位级别：硕士专业：内科学（风湿病学）指导教师：沈南20070501上海交通大学医学院2007届硕士研究生学位论文ODOpticaldensity光密度值OROddsratio相对危险度PCRPolymerasechainreaction聚合酶链式反应PBX1Pre-Bcellleukemia前B淋巴细胞白血病transcriptionfactor1转录因子PBSPhosphatebuffersaline磷酸盐缓冲液PLBPassivelysisbuffer被动裂解缓冲液pSNP

2、perigenicSNP基因周边SNPRQRelativequantity相对定量SLESystemiclupuserythematosus系统性红斑狼疮SNPSinglenucleotidepolymorphism单核苷酸多态性TThymidine胸腺嘧啶核苷TDTTransmissiondisequilibriumtest传递不平衡检验TmMeltingtemperature解链温度TNFTumornecrosisfactor肿瘤坏死因子tSNPtaggingSNP标签SNPUTRUntranslatedregion非翻译区UVUltraviolet紫外线3上海交通大学

3、学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海交通大学学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权上海交通大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用

4、影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本授权书。本学位论文属于不保密□。（请在以上方框内打“√”）学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海交通大学医学院2007届硕士研究生学位论文中文摘要【目的】对中国汉族人群系统性红斑狼疮（SLE）易感基因前B淋巴细胞白血病转录因子（PBX1）单核苷酸多态性位点进行筛选分析，并探讨阳性SNPs的生物学功能。【方法】利用Taqman技术对PBX1基因内部29个SNPs和PBX1基因与微卫星标记D1S2628之间26个SNPs的243个家系样本进行基因分型，并用Haploview、FBAT、

5、Genehunter软件进行家系连锁不平衡分析。利用3730基因测序技术对506名正常人和690名SLE患者标本进行rs3185695基因分型，进行病例对照研究。通过Real-timePCR、Pyrosequencing测序技术以及报告基因活性测定等方法分析PBX1基因3’UTR区SNPrs3185695对基因表达的影响。【结果】通过家系连锁不平衡分析发现，有4个SNP（rs1038679，rs10753646，rs2488916，rs12082970）与SLE存在相关性，其中rs1038679，rs10753646位于PBX1内含子区，rs2488916，rs120829

6、70位于PBX1基因与微卫星标记D1S2628之间。中国汉族人群中rs3185695次要等位基因A在SLE患者组和正常对照组的频率分别为11.6%和7.4%，具有显著性差异(P=0.001)，次要等位基因A与SLE发病相关。两种不同等位基因在mRNA水平表达量及其重组质粒报告基因活性存在明显差异，提示该位点的变异可能影响PBX1基因表达。【结论】我们认为PBX1基因3’UTR区的rs3185695A与SLE发病关联，该SNP位点G→A的变异能增强其与microRNA-202的结合能力，促进PBX1基因在mRNA水平的降解作用，使基因表达水平下降，从而参与SLE的发生。【关键

7、词】系统性红斑狼疮单核苷酸多态性PBX1基因功能4上海交通大学医学院2007届硕士研究生学位论文英文摘要【Objective】ToscreenforSNPs(Singlenucleotidepolymorphism)relatingtothePBX1(Pre-BCellLukemiaTranscriptionFactor)gene,whichisanSLE(Systemiclupuserythematosus)susceptibilitygenethatmaybeassociatedwiththediseasein