鄱阳湖流域并殖吸虫宿主动物华溪蟹属淡水蟹类dna条形码的初步研究

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1、分类号：密级：UDC：学号：406520312356南昌大学硕士研究生学位论文鄱阳湖流域并殖吸虫宿主动物华溪蟹属淡水蟹类DNA条形码的初步研究ThePreliminaryStudyofDNABarcodeonFreshwaterCrabsGenusSinopotamonasHostofParagonimusinPoyangLakeBasin徐武杰培养单位（院、系）：南昌大学基础医学院指导教师姓名、职称：周宪民研究员申请学位的学科门类：医学学科专业名称：病原生物学论文答辩日期：2015年6月3日答辩委员会主席：评阅人：2015年6月一、学位论文独创性声明本人

2、声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得南昌大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。学位论文作者签名（手写）：签字日期：年月日二、学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解南昌大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权南昌大学可以将学位论文的全部或部分内

3、容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编本学位论文。同时授权北京万方数据股份有限公司和中国学术期刊（光盘版）电子杂志社将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》和《中国优秀博硕士学位论文全文数据库》中全文发表，并通过网络向社会公众提供信息服务，同意按“章程”规定享受相关权益。学位论文作者签名（手写）：导师签名（手写）：签字日期：年月日签字日期：年月日论文题目姓名学号论文级别博士□硕士□院/系/所专业E_mail备注：□公开□保密（向校学位办申请获批准为“保密”，年月后公开）I摘要摘要目的：探讨运用DNA条形码标准序列进行鄱阳

4、湖流域并殖吸虫宿主动物华溪蟹属淡水蟹类分类鉴定的可行性，为淡水蟹分类鉴定提供一个标准化的分子分类参照模式。方法：根据不同取材部位对DNA提取效果的影响，优化华溪蟹属淡水蟹类DNA的提取。根据华溪蟹属物种间地理分布、生境模式的差异性，选取分布于鄱阳湖流域的福建华溪蟹（Sinopotamonfukienense）、万载华溪蟹（S.wanzaiense）、修水华溪蟹（S.xiushuiense）、斜缘华溪蟹（S.obliquum）、兰氏华溪蟹（S.lansi）以及资溪华溪蟹（S.zixiense）6个代表性物种，采用线粒体COI、16SrDNA基因片段以及核基因

5、片段ITS2作为分子标记，结合GenBank数据库中同属序列片段，经DNA提取、引物筛选、PCR扩增、产物纯化测序及测序数据处理和分析，在计算得到的遗传距离和所构建系统发生树基础上进行华溪蟹DNA条形码标准基因的选择。结果：使用试剂盒法提取华溪蟹属淡水蟹类步足肌肉，DNA提取浓度可达30ng/µL，DNA提取效果稳定可靠。在本实验涉及的淡水蟹类个体及类群的识别上，选择16SrDNA基因片段作为DNA条形码标准基因，对DNA模板的完整性等质量要求较高，陈旧样本提取的DNA无法保证理想的PCR扩增效率；而ITS2扩增产物经凝胶电泳则显示种间序列存在长度多态性。

6、故16SrDNA和ITS2基因片段不适宜作为华溪蟹类物种的DNA条形码标准基因。COI基因片段扩增效率为100%，扩增效果最为稳定，且测序结果分析大小一致，无插入及缺失，结合GenBank部分华溪蟹属序列数据分析，可区分本次研究所涉及的75％的物种，提示COI基因片段较16SrDNA、ITS2基因更适合作为鉴定华溪蟹类物种的DNA标准序列。结论：1.使用试剂盒法提取华溪蟹属淡水蟹类步足肌肉，可获得稳定可靠的DNA提取效果。2.COI基因片段较16SrDNA、ITS2基因更适合作为鉴定华溪蟹类物种的DNA标准序列，可作为华溪蟹属淡水蟹类物种鉴定的辅助分类工具

7、。3.研究涉及的COI基因片段序列A、T含量高达66.0%，有AT偏向，呈现II摘要后生动物线粒体基因典型的AT偏好特点。4.COI基因片段序列实验组数据计算建立的分支树显示：本次实验测序的S.fukienense与GenBank数据库下载的AB433578.1（S.fukienenseCOI基因片段）分为与其他7种华溪蟹无交叉的2支，若AB433578.1定种准确，提示极有可能在标本的补充采集及形态学测量比对基础上发现隐存物种（亚种）。5.基于S.lansiCOI基因数据建立的分支树，显示赣东、赣北、赣中地区S.lansi先与湖北地区S.lansi并系为

8、一支，该支进而与赣西、赣南地区S.lansi形成并系，并未显示出长