基于序列的蛋白质—药物相互作用预测研究

《基于序列的蛋白质—药物相互作用预测研究》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、分类号密级ＵＤＣ￡！犬學（ｆｔ乂ＮＡＮＪＩＮＧＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹＯＦＳＣＩＥＮＣＥ＆ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ石页士专业学位论文基于序列的蛋白质－药物相互作用预测研究（题名和副题名）丁林松（作者姓名）指导教师姓名於东军教授学位类别工程项士专业名称软件工程研究方向模式识别与生物信息学论文提交时间２０１５．０１注１：注明《国际十进分类法ＵＤＣ》的类号。声明本学位论文是我在导师的指导下取得的研究成果，尽我所知，在本学位论文中，除了加以标注和致谢的部分外，不包含其他人己经发表或公布

2、过的研究成果，也不包含我为获得任何教育机构的学位或学历而使用过的材料一。与我同工作的同事对本学位论文做出的贡献均已在论文中作了明确的说明。研究生签名：勝二年月日１；学位论文使用授权声明南京理工大学有权保存本学位论文的电子和纸质文档，可以借阅或上网公布本学位论文的部分或全部内容，可以向有关部门或机构送交并授权其保存、借阅或上网公布本学位论文的部分或全部内容。对于保密论文，按保密的有关规定和程序处理。研究生签名：年月》］勝杯ｙｉｊ；４声硕士学位论文基于序列的蛋白质－药物相互作用预测研究摘要一蛋白质是生命科学和医药化学中类重要的有机大分

3、子，蛋白质担负着各种生理功能，是生命活动的重要承担者。因此研究蛋白质与药物之间相互作用机制，对于促进人类健康具有十分重要的意义。蛋白质Ｐｒｏｔｅｉｎ与药物Ｄｒｕｇ相互作用的识别在研究基因组药物过程中起着关键的（）（）作用。传统的生物实验方法确定蛋白质与药物相互作用，从时间和费用两个方面来说代价都是昂贵的。因此，利用模式识别技术，直接从蛋白质序列出发预测蛋白质与药物相一互作用就成了项重要的工作。一－本文提出了种基于序列的蛋白质药物相互作用预测方法：从蛋白质序列出发提取了进化信息ＰＳＳＭ＿ＡＣＴ特征和伪氧基酸组成（ＰｓｅＡＡＣ）特征，从药物分子结构出发提

4、取了分子指纹特征，并对分子指纹特征分别进行了离散傅里叶变换和离散小波变换，然后通过特征组合方法将蛋白质特征和药物特征组合为不同蛋白质－药物对向量作为训练样本。在预测阶段，采用基于证据理论Ｋ近邻、支持向量机（ＳＶＭ）和随机森林（ＲａｎｄｏｍＦｏｒｅｓｔ）计算出每个样本发生相互作用的概率，然后选取适当的阈值判定相互作用对。在一一两个标准数据集上的留法验证结果表明，本文基于序列的预测方法在定程度上提升了预测精度。与ｉＧＰＣＲＪＤｒｕｇ、ｐＮＮＦＧＢＦ．ＬａｒｇｅＳｃａｌｅ、三种常见的预测方法的结果比＿较表明，本文提出的方法预测性能最优，说明了本文方法的有效性。－

5、关键词：相互作用预测，蛋白质药物对，特征组合，支持向量机，随机森林ＩＡｂｓｔｒａｃｔ硕丨位论文ＡｂｓｔｒａｃｔＰｒｏｔｅｉｎｓａｒｅｔｈｅｉｍｐｏｒｔａｎｔｂｉｏｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓｉｎｌｉｆｅｓｃｉｅｎｃｅａｎｄｍｅｄｉｃｉｎａｌｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．Ｐｒｏｔｅｉｎｓａｒｅｃａｒｒｉｅｒｏｆｍａｎｙｈｓｉｏｌｏｉｃａｌｆｕｎｃｔｉｏｎｓａｎｄａｒｅａｌｓｏｉｍｏｒｔａｎｔｂｅａｒｅｒｓｏｆｌｉｆｅｐｙｇｐａｃｔ．Ｔｉｔｉｖｉｔｉｅｓｈｅｒｅｆｏｒｅｉｔｉｓｖｅｒｓｉｎｉｆｉｃａｎｔｔｏｅｘｌｏｒｅ

6、ｔｈｅｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｍｅｃｈａｎｓｍｓｂｅｗｅｅｎ，ｙｇｐｔｗｈｌｈａｎｃｔｔ．ｒｏｅｉｎｓａｎｄｄｒｕｉｃｈｉｓｕｓｅｆｕｆｏｒｅｎｉｎｈｅｈｅａｌｈｏｆｈｕｍａｎｂｅｉｎｓｐｇ，ｇｙｇＴｈｅｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｂｅｔｗｅｅｎｄｒｕｇｓａｎｄｔａｒｇｅｔｐｒｏｔｅｉｎｓｐｌａｙｓａｋｅｙｒｏｌｅｉｎｔｈｅｒｏｃｅｓｓｏｆｅｎｏｍｉｃｄｒｕｄｉｓｃｏｖｅｒ．Ｈｏｗｅｖｅｒｔｈｅｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌｍｅｔｈｏｄｏｆｂｉｏｌｏｉｃａｌｐｇｇｙ，ｇ

7、ｅｘｅｒｔ－ｐｉｍｅｎｔｓｆｏｒｄｅｅｒｍｉｎｉｎｇｔｈｅｏｆｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｐｒｏｔｅｉｎａｎｄｄｒｕｇｉｓｔｉｍｅｃｏｎｓｕｍｉｎｇａｎｄｅｘｅｎｓ．Ｔｔｔｔｉｖｅｈｕｓｒｅｄｉｃｉｏｎｏｆｉｎｅｒａｃｔｉｏｎｓｂｅｔｗｅｅｎｄｒｕｓａｎｄｔａｒｅｔｒｏｅｉｎｓｆｒｏｍｓｅｕｅｎｃｅｐ，ｐｇｇｐｑｂｕｓ．ｙｉｎａｔｔｅｒｎｒｅｃｏｎｉｔｉｏｎｔｅｃｈｎｏｌｏｈａｓｂｅｃｏ