基于序列特征的蛋白质功能类预测方法研究

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1、基于序列特征的蛋白质功能类预测方法研究】7‘王7工O密级：普通湖南大学硕士学位论文基于序列特征的蛋白质功能类预测方法研究诠塞握童旦塑12Q!Q生墨旦12目迨窒筌趱旦期12Q!Q生蔓旦三Q旦筌鲎委基金圭廑；盐星盟熬攫洲Yiii●lⅢ7Ⅲ2舢5帅3Ⅲ3Ⅲ7Theresearchonfhnctionalclassbasedonproteinpredictionsequence一JcharacteristicsbyLIXiofB．E．HunanUniVersityTechnology2007Athesissubmittedinsatisfactionofthepartialfor

2、theofdegreeRequirementsMasterofEngineeringlnScienceandComputerTechn0109yinthe―、，，，，GraduateSch001ofHunanUniVersitySuperVisorProfessorLIAOBoMay，2010‖矗fj．q．．■‘I'‘I―’湖南大学学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的论文是本人在导师的指导下独立进行研究所取得的研究成果。除了文中特别加以标注引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写的成果作品。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标

3、明。本人完全意识到本声明的法律后果由本人承担。作者签名：菇名日期：77／0年j、月；D日1学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权湖南大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。本学位论文属于l、保密口，在年解密后适用本授权书。2、不保密固。请在以上相应方框内打“√”作者签名：日期：动年j‘月多D日导师签名：日期：砂fD年6月1日r基于序列特征的蛋F1质功能类预测方法研究摘要

4、Genome随着人类基因组计划Human的序列和结构数据呈指数增长，生命科学已实质性地步入到后基因组时代。序列信息不断累积的同时，大量参与重要生命活动的蛋白质功能却仍然未知。蛋白质序列数据和功能信息之间的差距，使得在全蛋白质组范围内确定蛋白质的功能成为后基因时代生物学研究的主要任务之一。随着序列信息的急剧增加，人们开始将更多的注意力放在如何从序列预测蛋白质功能的问题上。论文主要研究基于序列特征的蛋白质功能类预测，主要工作包括：在对蛋白质序列的表征方法和分类方法进行较为详细的综述之后，提出了一种氨基酸序列的全局编码Global8l用最近邻分类算法预测蛋白质的功能类。通过对酵

5、母蛋白质的l8条序列进行功能分类预测，验证了这种方法的有效性。特别是当蛋白质相互作用信息有限，仅采用序列信息的情况下，它能有效地提取蛋白质序列中蕴含的功能信息，达到蛋白质功能类预测的目的。另外，还根据蛋白质的组成、物化属性、序列局部信息，以及氨基酸的位置J．信息提出了一种新的蛋白质序列表征方法。加权分段伪氨基酸组成位置向量’最近邻分类算法得到的预测结果也有所改进。针对蛋白质的功能类别可能有一种或多种的情况，采用协方差判别式分类器对其进行了预测评估，实验结果表明，该分类器能较好的应用于蛋白质的功能类预测。关键词：蛋白质序列；蛋白质功能类预测；全局编码；加权分段伪氨基酸组成位

6、置向量；最近邻分类算法；协方差判别式分类器Il0》tAbstractHumanGenomeacid，protelnWiththeofProjectHGP，nucleicimplementationhassciencesstructuredataandgrowingexponentially，lifesequenceshasaccumulatedtheera．inl’ormationconstantIy，enteredSequencepost．genomicwhichthelifeofmajorofanumberparticipatefunctionproteinwhile

7、thelargetheamountofdataandthebetweensequenceisstillunknown．AsprotelnactivitVgaponeotbecamefunctionatthescalefunctioninformation，determingproteinproteomicincreasethedramaticatera．Withtasksofresearchthemainbiologicalpost-genomicbeentotheofmethodsattentionhasdeVelopmen