基于基因组测序的黄瓜高密度遗传图谱构建和果皮浅绿突变体基因定位

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1、密级:论文编中囯农业科学院学位论文基于基因组测序的黄瓜高密度遗传图谱构建和果皮浅绿突变体基因定位Sequencing-basedHigh-densityGeneticMapConstructionandMutationMappinginCucumber硕士研究生：周倩指导教师：张忠华研究员申请学位类别：农学硕士专业：蔬菜学研究方向：蔬菜遗传育种培养单位：蔬菜花卉研究所中国农业科学院研究生院2015年4月独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地

2、方外，论文中不包含其他人己经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得中国农业科学院或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研宄所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：时间：年r月7曰关于论文使用授权的声明本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定，s卩：中国农业科学院有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文3同意中国农业科学院可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。研究生签名猶

3、时间：年>月^^曰密级:论文编号:中国农业科学院学位论文基于基因组测序的黄瓜高密度遗传图谱构建和果皮浅绿突变体基因定位Sequencing-basedHigh-densityGeneticMapConstructionandMutationMappinginCucumber硕士研究生：周倩指导教师：张忠华研究员申请学位类别：农学硕士专业：蔬菜学研究方向：蔬菜遗传育种培养单位：蔬菜花卉研究所中国农业科学院研究生院2015年4月Secrecy:No.ChineseAcademyofAgriculturalSciencesDis

4、sertationSequencing-basedHigh-densityGeneticMapConstructionandMutationMappinginCucumberMs.Candidate：QianZhouAdvisor：ZhonghuaZhangMajor：VegetableScienceSpecialty：VegetableGeneticsandBreedingApril2015中国农业科学院硕士学位论文评阅人、答辩委签.论文题目基于基因组测序的黄瓜高密度遗传图谱构建及突变体基因定位蔬菜遗传论文作者周倩专业蔬

5、菜学研究方向育种指导教师张忠华培养单位（研究所）蔬菜花卉研究所硕（博）姓名职称单位专业签名导师评硕导0湖南省农业科学院黄瓜分子育陈惠明研究员博导口蔬菜研究所洋中阅硕导口扬州大学园艺与植物蔬菜作物遗人陈学好教授博导0..........避f院............传育种答硕导口中国农业大学农业与生物化学与赖锦盛教授主博导0生物技术学院分子生物学席硕导口生物化学与戚益军教授清华大学生命科学院博导0分子生物学硕导口中国科学院遗传与发傅向东研究员分子生物学博f0育生物学研究所答硕导口华中农业大学生命科生物化学与罗杰教授博导0^$

6、技术学院分子生物学辩硕导口军国农业S学院蔬菜生物化学与崔霞研究员博导0花卉研究所分子生物学委硕导口口博导口贝硕导□博导口硕导口博导口会议记录（秘书）孙进京2015年5月29R蔬菜所综合楼212摘要黄瓜是世界范围内重要的蔬菜作物，目前已经完成了栽培、野生多个材料的参考基因组拼接，构建了涵盖115份核心种质的变异组图谱，但是黄瓜重要性状控制基因/QTLs的研究仍然滞后。黄瓜中现有的遗传图谱主要是基于SSR、AFLP等分子标记构建，标记密度不足，限制了基因/QTLs的定位精确度和准确率，不能满足基因克隆和分子育种的需求。本课题通

7、过对一个重组自交系（Recombinantinbreedline,RIL）群体进行低覆盖度重测序，利用SNP构建了黄瓜超高密度遗传图谱。在此基础上，结合表型数据进行了多个性状的QTL定位。该图谱将促进黄瓜重要性状的基因/QTLs定位研究，并为了解和利用黄瓜基因组信息提供更多数据支持。除利用遗传图谱进行基因/QTLs研究外，本课题中还利用黄瓜EMS突变体库，筛选了黄瓜果皮浅绿的突变体，通过混池测序的方法仅利用一个较小的F2群体，快速确定了突变位点，定位了候选基因。本课题的主要结论如下：（1）利用含有147个单株的RIL群体（

8、9930x9110Gt），构建了超高密度遗传图谱。该图谱总长度1384.4cM,包含115,933个SNP，759个重组片段，覆盖全基因组98%以上。（2）将所构建遗传图谱与9930拼接基因组序列进行比较，99%以上的遗传图谱顺序与序列图谱顺序一致，证明了遗传图谱的高精确性。同时发现，染色体5的0-3.