银杏胚珠非编码小rna的鉴定和分析

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2、：指导教师姓名，，江，２２５００９：金戚教授扬州大学苏扬州申请学位级别：学科专业名称；果树？屋＿＾．．．．．．学．．．．＊论文贼日期：心主论文答辩日親２０。年６月——某乃、学位授予单位；扬州大学学位授予日期：２０１５年６月、ｊ々方＇＊答辩委员会主席－：陈鹏教授二户完＇矜：签榮卷於护魚游巧心，哪？如－…巧Ｖ心＞、餐心李巧：ｉｒ；啊烏一恭．４＃與种＾方如如．＇技境系。巧聲．，《餐巧＊朱－，：＇绛嗦／心＞山文£公－。兴－Ｉｄｅｎ村ｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄｃｈａｒ

3、ａｃｔｅｒｉｚａ杜ｏｎｏｆｓｍａｌｌｎｏｎｃｏｄｉｎｇＲＮＡｓｉｎＯＹｕｌｅｏｆＧｉｎｋｇｏｂｉｌｏｂａＬ．ＢｙＫａｉｅＬｕｏｇＳｕｅｒｖｉｓｅｄｂＰｒｏ耗ｓｓｏｒＢｉａｏＪｉｎｐｙＡＤｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎＳｕｂｍｉｔｅｄａｓＰａｒｔｉａｌＦｕｌｆｉｌｌｍｅｎｔｏｆ化ｅ民ｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔ仿ｒＭａｓ化ｒＤｅｇｒｅｅｏｆＳｃｉｅｎｃｅＩｎＹａｎｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｇｙＪｕｎｅ２０１５ＹａｎｚｈｏｕＣｈｉｎａｇ，

4、Ｉ骆凯歌银杏胚珠非编码小ＲＮＡ的鉴定和分析摘要素有＂气舌化石之称的銀杏（仿口Ｌ．），被认为是地球上继藤类物种之后出现最一早的种子植物之。银杏起源历史悠久，其生殖过程表现出独特的性状，尤其是雌性生殖器官巧珠的生长与发育，更是具有许多独特的原始特征。目前大多数研巧集中在有关银杏庇珠的微观形态结构、胚珠沮织形成和生理生化变化等方面，而有关调控银杏胚珠生长发ＲＮＡ一育的分子机制方面鲜有报道。Ｍｉｃｒｏｓ（ｍｉＲＮＡｓ），是类内源性的、单链的、长度约为２２个核昔酸ｎｔ）ＲＮＡ，，（的非

5、编码小在真核生物中进化具有高度保守性通过直接对靴基因切割或抑制靴基因翻译的手段，参与到植物生长发育、信号转导过程和环境胁迫响应等生命进程的各个方面，。因此对银杏胚珠开展ｍｉＲＮＡ的鉴定与功能研究具有重要的一意义，可为进步研究银杏庇珠生长发育的分子机理提供有力帮助。，本研究中Ｗ银杏胚珠为实验材料，采用高通量测序技术与生物信息学分析技术相结合的方法，鉴定和分析了银杏胜珠的ｍｉＲＮＡ及其報基因。取得主要结果如下：’（１），从银杏胚珠中总共得到１２１２１３８５通过测序，，个高质量的ｓＲＮＡ序列，去除３

6、接头’缺失序列、５接头污染序列、无插入片段、小于１８ｎｔ的短序列及ＰｏｌｙＡ序列等低质量序列后，最终得到１１９１９６４（１１３％ｕｎｉｕｅ）条干净序列。，＾式９，ｑ（２）对银杏胚珠小ＲＮＡ文库中的ｃｌｅａｎｒｅａｄｓ进行分析与分类注释。文库中的小ＲＮＡ长９－２４ｎ度集中在１ｔ之间，符合典型ｍｉＲＮＡ长度分布。通过比对基因组，其中包含核糖体ＲＮＡ（ｒＲＮＡ）有５１９，５１３条序列（３１，０３９ｕｎｉｑｕｅ），占到ｓＲＮＡ总数的４．３６％（１．５６％ｕｎｉｕｅ）小核ＲＮ

7、Ａ（ｓｍａｌｌｎｕｃｌｅａｒＲＮＡｓｎＲＮＡ）５７６９条ｑ；，，序列（１０１４，ｕｎｉｑｕｅ），占到ｓＲＮＡ的０．０５％（０．０５％ｕｎｉｑｕｅ）；核仁小ＲＮＡ（ｓｍａｌｌＮｕｃｌｅｏ山ｓＲＮＡ，ｓｎｏＲＮＡ）１，８５８条序列（３７６ｕｎｉｑｕｅ），占总数的０．０２％（０．０２％ｕｎｉｕｅ）；转运ＲＮＡｑ〇（杠ａｎｓｆｅｒ加ｏ肌ｃｌｅｉｃａｃｉｄｔＲＮＡ）２０３４７１条序列（６６３６ｕｎｉｕｅ），占／，，，ｑ总数的１．７１〇；未注释（ｕｎａｎｎａｔ她ｏ

8、ｎ）的ｓＲＮＡ８，６２７，５８５条序列（ｌ，９３２，５８４ｕｎｉｕｅ），占到总数的ｑ７２．３８％（９７．０５％ｕｎｉｑｕｅ）〇（３）将胚珠的ｓＲＮＡ序列比对到ｍｉＲＢａｓｅ数据库（ｍｉＲＢａｓｅ２０．０）中所有植物的ｍｉＲＮＡ一，，经过严格筛选之后成熟序列及前体序列最终比对得到１９７４６条，，唯同源序列最终鉴定得到保