膜蛋白tap分子与抗原肽相互作用的拉伸分子动力学研究

《膜蛋白tap分子与抗原肽相互作用的拉伸分子动力学研究》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、犬裡－大孕ＤＡＬＩＡＮＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹＯＦＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹｆｉＳＳ士等位论文ＭＡＳＴＥＲＡＬＤＩＳＳＥＲＴＡＴＩＯＮ／＾＼＜ｄＩＩ膜蛋白ＴＡＰ分子与抗原肽相互作用的拉伸分子动力学研究生物物理学学科专业作者姓名逋—宇刘伟副教授指导教师答辩日期２０１５年６月硕士学位论文膜蛋白ＴＡＰ分子与抗原肽相互作用的拉伸分子动力学研究ＳｔｕｄｙｏｆｔｈｅｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｂｅｔｗｅｅｎｍｅｍｂｒａｎｅｒｏｔｅｉｎＴＡＰｐｍｏｌｅｃｕｌｅａｎｄａｎｔｉｅｎｅｔｉｄ

2、ｅｂｕｓｉｎｓｔｅｅｒｅｄｍｏｌｅｃｕｌａｒｇｐｐｙｇｄｙｎａｍｉｃｓ作者姓名：浦宇学科、专业：生物物理学学号：２１２０２０５６指导教师：ｊｍ完成日期－５：２０１５大沒理工犬摩ＤａｌｉａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｏｆＴｅｃｈｎｏｌｏｙｇｙ大连理工大学学位论文独创性声明作者郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下进行研究工作所取得的成果。尽我所知，除文中已经注明引用内容和致谢的地方外，本论文不包含其他个人或集体巳经发表的研究成果，也不包含其他巳申请学位或其他用途使用过的成果一。与我同工作的同志对

3、本研究所做的贡献均巳在论文中做了明确的说明并表示了谢意。若有不实之处，本人愿意承担相关法律责任。糊该嫌伽咖咏（Ｐ彿輪学位论文题目：作者签名：球ｙ日期：ＩＳ年６月日７大麵工大学硕士学位论文摘要与抗原呈递相关转运体（ｔｒａｎｓｏｒｔｅｒａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈａｎｔｉｅｎｒｏｃｅｓｓｉｎｇＡＰ）在抗ｐｇｐ，Ｔ原呈递进程中起着至关重要的作用，它将蛋白酶降解产生的肽类从细胞质里转运到内质网腔中。近来越来越多的研究证实其与多种慢性感染疾病、自身免疫疾病等有很强的关联。尽管如此，但是由于其实验数据的缺乏，仍然有很多问题亟待解

4、决，如ＴＡＰ蛋白质的具体构象，在转运抗原肽过程中信号传导与转运机制等。本文釆用拉伸分子动力学（ｓｔｅｅｒｅｄｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｙｎａｍｉｃｓ，ＳＭＤ）模拟抗原肽与ＴＡＰ相互作用，通过在抗原肽上施加虚拟牵引力，使抗原肽通过ＴＡＰ形成的转运通道。在模拟过程中，由于通道结构的不规则性以及抗原肽和ＴＡＰ拉伸过程中的相互作用，故不能采用固定方向的拉伸模式，所以本文采用了选取最优化方向来实现拉伸过程。经过１４８３ｐｓ时间的ＳＭＤ模拟，抗原肽顺利穿过了ＴＡＰ分子，到达内质网腔，完成了转运过程。根据模拟过程中体系均方根偏差（ＲｏｏｔＭｅａｎＳｑｕａ

5、ｒｅＤｅｖｉａｔｉｏｎ，ＲＭＳＤ）、均方根波动（ＲｏｏｔＭｅａｎＳｑｕａｒｅＦｌｕｃｔｕａｔｉｏｎ，ＲＭＳＦ）和特殊氨基酸位置的变化，分析模拟过程：经过ＳＭＤ模拟，由于抗原肽与ＴＡＰ的相互作用中的结构变化，得到以下结论，膜蛋白ＴＡＰ分子面向细胞质的幵口变小，而面向内质网的开口变大。关键词：与抗原呈递相关转运体；转运机制；拉伸分子动力学；均方根偏差；均方根波动－－Ｉ膜蛋白ＴＡＰ分子与抗原肽相互作用的拉伸分子动力学研究ＳｔｕｄｙｏｆｔｈｅｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｂｅｔｗｅｅｎｍｅｍｂｒａｎｅｐｒｏｔｅｉｎＴＡＰｍｏｌｅ

6、ｃｕｌｅａｎｄａｎｔｉｇｅｎｐｅｐｔｉｄｅｂｙｓｉｎｓｔｅｅｒｅｄｍｏｌｅｃｕｌａｒｄａｍｉｃｓｕｇｙｎＡｂｓｔｒａｃｔＴｈｅｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈａｎｔｉｇｅｎｐｒｏｃｅｓｓｍｇ（ＴＡＰ）ｐｌａｙｓａｎｅｓｓｅｎｔｉａｌｒｏｌｅｉｎｔｈｅａｎｔｉｇｅｎｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｐａｔｈｗａｙｂｙｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｎｇｃｙｔｏｓｏｌｉｃｐｅｐｔｉｄｅｓｄｅｒｉｖｅｄｆｒｏｍｐｒｏｔｅａｓｏｍａｌｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎｉｎｔｏｔｈｅｅｎｄｏｐｌａｓｍｉｃｒｅｔｉｃ

7、ｕｌｕｍｌｕｍｅｎ．Ｒｅｃｅｎｔｌｙｏｒｅａｎｄｍｏｒｅｓ，ｍｔｕｄｉｅｓｈａｖｅｃｏｎｆｉｒｍｅｄｔｈａｔｉｔｈａｓａｓｔｒｏｎｇｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｉｔｈａｖａｒｉｅｔｏｆｃｈｒｏｎｉｃｄｉｓｅａｓｅｓｗｙａｎｄａｕｔｏｉｍｍｕｎｅｄｉｓｅａｓｅｓ．Ｉｎｓｉｔｅｏｆｔｈｉｓｄｕｅｔｏｔｈｅｌａｃｋｏｆｅｘｅｒｉｍｅｎｔａｌｄａｔａｔｈｅｒｅｐ，ｐ，ａｒｅｓｔｉｌｌｍａｎｒｏｂｌｅｍｓｔｏｂｅｓｏｌｖｅｄｓｕｃｈａｓ