肥尾和瘦尾羊全基因组选择信号检测

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1、级:论文编号:中囯农业科学院肥尾和瘦尾羊全基因组选择信号检测Genome-wideDetectionofSelectionSignaturesbetweenFat-tailedandThin-tailedSheepPopulations硕士研究生：刘真指导教师：魏彩虹副研究员申请学位类别：农业推广硕士专业领域名称：养殖培养单位：北京畜牧兽医研究所研宄生院2015年5月Secrecy:No.ChineseAcademyofAgriculturalSciencesDissertationGenome-wideDetectionofSelection

2、SignaturesbetweenFat-tailedandThin-tailedSheepPopulationsM.S.Candidate：ZhenLiuSupervisor：ViceProf.CaihongWeiDegree：MasterofAgriculturalExtensionSpecialty:AnimalmolecularbreedingMay2015独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含

3、为获得中国农业科学院或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：时间：年月日关于论文使用授权的声明本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定，即：中国农业科学院有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意中国农业科学院可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。研究生签名：时间：年月日导师签名：时间：年月日中国农业科学院硕士学位论文评阅人、答辩委员会签名表论文

4、题目不同尾型绵羊（蒙古羊和藏羊）全基因组选择信号检测论文作者刘真专业领域养殖研究方向动物遗传育种北京畜牧兽医研究指导教师魏彩虹培养单位（研究所、中心）所姓名职称单位专业签名评阅人答辩主席答辩委员会议记录（秘书）论文答辩时间地点摘要选择信号是生物在人工或自然选择过程中，由于选择作用在基因组上留下的选择印迹，通常情况下表现为染色体长范围的连锁不平衡或者遗传多态性的降低。为研究不同尾型绵羊群体遗传分化程度，检测全基因组选择信号，以挖掘与不同尾型绵羊重要性状相关的候选基因。本研究基于蒙古羊（短脂尾）和藏羊（瘦尾）群体的IlluminaOvineSNP5

5、0K芯片分型数据，借助遗传分化系数FST法进行群体间选择信号检测分析，应用生物信息学方法分析寻找选择信号区域内的重要基因，并对其中与脂肪代谢相关的基因PPARG、PDGFD在呼伦贝尔羊（大尾和小尾品系；肥尾）与藏羊（瘦尾）尾脂进行mRNA相对表达量研究。结果如下：（1）465个SNPs受选择，通过基因注释找到448个候选基因，GO功能富集分析表明这些基因主要富集在发育过程、细胞形态建成、大分子分解代谢等条目；并在这些候选基因中筛选出50个与脂类代谢相关的基因，GO功能富集分析发现这些基因主要富集在脂类生物合成过程、磷脂代谢、脂质结合等条目，此外

6、发现4个基因（PPARG、RXRG、SLC27A2和ACSL6）富集到PPAR信号通路。PPARG和PDGFD作为候选基因参与了脂肪代谢过程，可能与尾脂形成有重要关系。（2）对脂肪代谢合成相关重点候选基因PPARG和PDGFD进行尾脂组织相对表达量研究表明：肥瘦尾之间，呼伦贝尔羊（大尾和小尾品系）PPARG和PDGFD基因表达量均显著高于藏羊（P<0.01），而大小肥尾之间，呼伦贝尔羊大尾品系PPARG基因表达量显著高于小尾品系（P<0.05），PDGFD基因表达量则无明显差异。本研究采用FST法有效检测到受选择的基因，其中部分基因与绵羊重要性

7、状相关，并通过相对定量实验证明PPARG和PDGFD基因与尾部脂肪沉积密切相关，可以作为尾型选育的候选基因，为绵羊育种及改良提供重要有益参考。关键词：全基因组,群体分化指数（FST）,选择信号,脂肪沉积,候选基因IAbstractSelectionsignaturesaretheselectivefootprintsacrosstheorganismgenomeduetotheeffectofselectionintheprocessofartificialselectionornaturalselection,whichdisplayedth

8、elongrangelinkagedisequilibriuminchromosomeorgeneticdiversityreduction.This