胃癌组织的dna甲基化和基因表达研究

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1、分类号：密级：单位代码：10092学号：20121277漱方雜HEBEINORTHUNIVERSITY硕士学位论文胃癌组织的DNA甲基化和基因表达研究单位：河北北方学院专业：肿瘤学研究生姓名：彭涛导师姓名及职称:李曙光教授研究起止日期：2012.9-2015.5提交日期：2015.5分类号：密级：单位代码：10092学号：20121277胃癌组织的DNA甲基化和基因表达研究单位：河北北方学院专业：肿瘤学研究生姓名：彭涛导师姓名及职称：李曙光教授研究起止日期：2012.9-2015.5提交日期:2015.5河北北方学院学位论文使用授权及知识产权归属承诺本学位论文在导师（或指导小组）的指导下，由

2、本人独立完成。本学位论文研究所获的研究成果，其知识产权归河北北方学院所有。河北北方学院有权对本学位论文进行交流、公开和使用。导师签名：研究生签名：研究生签名：2015年05月30日河北北方学院研究生学位论文独创性声明本论文是在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果，除了文中特别加以标注和致谢等内容外，文中不包含其他人已经发表或撰写的研究成果，指导教师对此进行了审定。本论文由本人独立撰写，文责自负。导师签名：研究生签名：2015年05月30日目录目录中文摘要…………………………………………………………………1英文摘要…………………………………………………………………3英文缩写……………………

3、……………………………………………5研究论文胃癌组织的DNA甲基化和基因表达研究前言…………………………………………………………………6材料与方法…………………………………………………………8结果………………………………………………………………14附图………………………………………………………………18附表………………………………………………………………22讨论………………………………………………………………37结论………………………………………………………………41参考文献……………………………………………………………42综述DNA甲基化在胃癌的研究进展………………………………47致谢……

4、………………………………………………………………56个人简历…………………………………………………………………57I中文摘要胃癌组织的DNA甲基化和基因表达研究摘要鉴于目前胃癌DNA甲基化的研究多集中于单个或几个基因，且DNA甲基化在胃癌发生、发展和浸润转移过程中的作用尚不明确。因此，运用高通量甲基化芯片明确DNA甲基化和其表达与胃癌组织学类型、肿瘤的部位、浸润深度、淋巴结和腹膜转移及预后的关系，具有重要意义。通过GO分类注释以及KEGGPATHYWAY注释分析后，能为建立胃癌DNA甲基化谱，探索胃癌发生、发展的表观遗传性机制，并拟建立胃癌分子分期及判断预后的分子标记物群，并针对靶分子设计干

5、预措施，为胃癌的治疗开辟新的路径。本课题应用DNA甲基化芯片检测胃癌及其癌旁正常组织基因组甲基化情况，并利用软件对筛选基因进行功能分析，探讨胃癌的发生发展及预后的分子机制。实验方法：采用甲基化DNA免疫沉淀方法(MethylatedDNAimmunoprecipitation,MeDIP)结合NibleGen公司DNA甲基化芯片对胃癌及其癌旁组织进行甲基化基因筛选，通过分析软件对基因进行GO(GeneOntology)和KEGG（KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes）pathway注释分析。结果显示：1.甲基化差异基因：（1）基因启动子区：存在于胃癌组织中的甲

6、基化差异基因为113个，如SHP1、FGF8、CSF2RA；胃癌组织中以1号和4号染色体甲基化差异基因最多，均为11个。18号和20号染色体甲基化差异基因最少，均为1个；存在于配对癌旁正常组织甲基化差异基因为161个，如：TNF、IGF2、BMP7。配对癌旁正常组织中以11号染色体甲基化差异基因最多，为17个；其次，以9号、19号和20号染色体甲基化差异基因较多，均为11个，Y染色体甲基化差异基因最少，为0个。（2）CpG岛：存在于胃癌组织中的甲基化差异基因为123个。如：WNT2B、JAK2、TPT1；存在于癌旁组织甲基化差异基因为139个，如：TNFRSF4、HOXC8、NFYA。2.甲

7、基化差异基因的功能分类：（1）GO分析软件将功能相同的基因进行1中文摘要了分类，组成了不同的基因群：①蛋白磷酸化相关基因；②调节细胞分解代谢相关基因；③离子转运相关基因；④酶活性调节相关基因；⑤转录调控相关基因；⑥代谢相关基因；⑦细胞分裂相关基因；⑧细胞周期调节相关基因；⑨信号转导相关基因等。（2）通路分析显示DNA甲基化差异基因主要参与了肿瘤的发生、凋亡、机体免疫、氨基酸代谢等，例如：癌症通路、JAK-ST