谷子基因组中近期节段式重复研究

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1、分类号密级ＵＤＣｂ明理工大学硕±学位论文Ｐ谷子基因组中近期节段式重复研究研究生姓名奎蓬指导教师姓名、职称高立志教授学科专业生物化学与分子生物学研究方向生物信息学论文工作－２起止日期２０１３年日９月０１５年０５月论文提交日期２０１５年０４月学位论文出版授极书我巧意将本人学位论义著作权中的数字比复制巧、发行访、汇编权《信息网络巧播权的专有使用权在全世界抱围内授予中国学术期刊（光盘版）电子杂志社下＂＂－茵称杂志社ｊ．同意其在《中国优秀隱硕上学位论文全文数据库》和ＣＮＫＩ系列、毁据唐中出版，未经杂３社

2、书面许可，我不再授权他人ｙ数字化形式出版本文。我同意《中国优秀博硕±学位论文全文数据库出饭章程》规定享受相关权益。如有任何第Ｈ方未经杂志化许可使用本人论文，共志化边追究其法律责任，诉怒的全部费用由杂志社承担。胜诉后，由杂志社与本人按５：５的比刻分配所获赔偿金。＾走作者签名；魂￣欢｜＾年月议日学位论文作者信息＿＇论文．站目《等邊因纽本症输考政＾１寺套句努！！｜》口俯姓名夺去学号皆／７７！答辩曰期巧江年ｒ月《３ｉＩＩ／论文级别博±〇硕±因Ｉｊ＾蘭业？／系／所ｉ禮Ｉ終必綿敎＾声化顿乂違ｉｒ舶屋腑参卿Ｅｍａｉｌ联糸电话！

3、＿｜ｊ通信地址邮编）：（‘ＩＬＩＩＥ：—□保密（年月）（保密的学位论文在解密后应遵守此拇＿月至＿年＿孩公开＿议）学位论文使用授权书木论文作者完全了解学仪关十保存、化用学位论文的管理如法及规定，即学校有权保留并向聞糸巧关部ｎ或机构送交论文的复印件和。本人授权自周Ｓ咬学可Ｗ将本学电子版，允许论文被爸閒和借础义数据巧巧收录到／位论文的全部或部分内巧编入学校行《中閨蹲±、优秀硕±学化论文令文數据库进行信息服务，也可Ｗ米用影印缩印或扫描等复制手段保存或汇编本学位论文。文＾：化解密后适用ｆ本巧杖巧注：保密学位论作者签名：ｉ杏

4、学院：心《貧始冰考怡Ｉｆｆ以你７学巧７；分／／专业：／么娜｛乂ｆ匀抑Ａ飾葦．－巧生院学化工作处）（式Ｈ份，巧研ＲｅｃｅｎｔＳｅｇｍｅｎｔａｌＤｕｐｌｉｃａｔｉｏｎｓｉｎ化ｅｆｏｘｔａｉｌｍｉｌｌｅｔＧｅｎｏｍｅＢｙＫｕ－ｉＬｉＡｄｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎｓｕｂｍｉｔｔｅｄｆｏｒｔｈｅｄｅｒｅｅｏｆＭａｓｔｅｒｇＳｃｉｅｎｃｅ（）ＡｔｔｈｅＫＵＮＭＩＮＧＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹＯＦＳＣＩＥＮＣＥＡＮＤＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ２０１５一遵守学术巧为规范承诺本人已熟知并愿意自觉遵守《屋明理工大学研巧生学

5、术规范实施巧则（试行）》的所有内容，承诺所提交的毕业和学位论文是终稿，不存在学术不端斤为，且论文的纸质版与电子版内容完全一致。二独创性声明本人声明所提交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加Ｗ标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研巧成果，也不包含为获得昆明理工大学或其他教育化构的学位或证书而使用过的材料一。与我同工作的同志对本研充所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示了谢意？本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。巧要节段式重复是单倍体基因组出现两次及Ｗ上－，长度在ｌ４００ｋｂ

6、之间，序列相似度在９０％（＾ｉ上的重复的ＤＮＡ片段。相对于典型的转座子，泌８的拷贝数较低，因此，经常被称为低拷贝重复或ＬＣＲｓ。目前，有两个主要的方法用于ＳＤｓ检测，全基因組组装的比较（ＷＧＡＣ）和全基因组鸟枪序列检测（ＷＳＳＤ）。本文对ＷＧＡＣ的方法进行了改进，并使用Ｔ改进的方法和ＷＳ犯对谷子品系Ｚｈａｎｇｇｕ基因组的节段式重复进行了研究。通过对Ｚｈａｎｇｇｕ基因组中的ＳＤｓ的位置分析，我们发现ＳＤｓ在基因组中的分布并不是随机的，不仅染色体内部有区别，染色体的区别也比较大。节段式重复中产生了许多基因的新副本，这些重复基因对物种中新性状的形成Ｗ具有重要作用。

7、对ＳＤｓ区域的基因进行ＧＯ分析表明，ＳＤｓ中的基因与谷子的新陈代谢有关。关键巧：重复序列；节段式重复；基因组进化；谷子。ＩＡｂｓｔｒａｃｔ＂，，ＳｅＫｃａ－ｇｍｅｎｔａｌｄｕｐｔｉｏｎｓ（ａｌｓｏｔｅｒｍｅｄｌｏｗｃｏｐｙｒｅｅａｔｓ）ａｒｅｂｌｏｃｋｓｏｆＤＮＡｔｈａｔｒａｎｇｅｐｆｒｏｍ１化４００ｋｂｉｎｌｅｎｇｔｈｙｏｃｃｕｒａｔｍｏｒｅｔｈａｎｏｎ