白粉菌诱导华东葡萄‘白河-35-1’转录组分析

《白粉菌诱导华东葡萄‘白河-35-1’转录组分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、分类号：S663.1学校代码：10712研究生学号：2012050357UDC:634.8密级：公开®品灶农林奇长大学2015届攻读硕士学位研究生学位（毕业）论文白粉菌诱导华东葡萄‘白河-35-1’转录组分析学科专业果树学_____________研究方向果树育种与生物技术研究生翁凯_____________指导教师徐炎教授完成时间2015年5月_________中国陕西杨凌研究生学位（毕业）论文的独创性声明本人声明：所呈交的硕士学位（毕业）论文是我个人在导师指导下独立进行的研究工作及取得的研究结果；论文中的研究数据及结果的获得

2、完全符合学校《关于规范西北农林科技大学研究生学术道德的暂行规定》，如果违反此规定，一切后果与法律责任均由本人承担。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究结果，也不包含其他人和自己本人已获得西北农林科技大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文的致谢中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：时间：年（(月r曰导师指导研究生学位（毕业）论文的承诺指导下独立开展研究工作及取得的研究结果，属于我现岗职务工作的结果，并严格按照学校《关于规

3、范西北农林科技大学研究生学术道德的暂行规定》而获得的研究结果。如果违反学校《关于规范西北农林科技大学研究生学术道德的暂行规定》，我必须接受按学校有关规定的处罚处理并承担相应导师连带责任。关于研究生学位（毕业）论文使用授权的说明本学位（毕业）论文的知识产权归属西北农林科技大学。本人同意西北农林科技大学保存或向国家有关部门或机构送交论文的纸质版和电子版，允许论文被查阅和借阅；同意西北农林科技大学将本学位（毕业）论文的全部或部分内容授权汇编录入《中国优秀硕士学位论文全文数据库》进行出版，并享受相关权益。本人保证，在毕业离开（或者工作调

4、离）西北农林科技大学后，发表或者使用本学位（毕业）论文及其相关的工作成果时，必须以西北农林科技大学为第一署名单位，否则，按违背《中华人民共和国著作权法》等有关规定处理并追究法律责任。任何收存和保管本论文各种版本的其他单位和个人(包括研究生本人)未经本论文作者的导师同意，不得有对本论文进行复制、修改、发行、出租、改编等侵犯著作权的行为，否则，按违背《中华人民共和国著作权法》等有关规定处理并追究法律责任。(保密的学位论文在保密期限内，不得以任何方式发表、借阅、复印、缩印或扫描复制手段保存、汇编论文）研究生签名时间：^(年&月r日Cl

5、assificationcode:S663.1Universitycode:10712UDC:634.8Postgraduatenumber:2012050357Confidentialitylevel:Public_ThesisforMaster’sDegreeNorthwestA＆FUniversityin2015AnalyzeTranscriptomeofVitisPesudoreticulata‘Baihe-35-1’InducedByErysiphenecatorSchw.Major:PomologyResearchf

6、ield:FruitgermplasmandbiotechnologyNameofPostgraduate:WengKaiAdviser:ProfessorXuYanDateofsubmission:May,2015YanglingshaanxiChina本项目受农业部“948”（重大专项滚动）项目子课题“重要果树基因资源发掘与创新的关键技术合作研发（2011-G21）资助。研究在西北农林科技大学农业部西北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室、旱区作物逆境生物学国家重点实验室完成。白粉菌诱导华东葡萄‘白河-35-1’转录组分析

7、摘要葡萄白粉病是由白粉菌（ErysiphenecatorSchw.）引起的，是危害欧洲栽培葡萄最严重病害之一。本研究通过对高抗葡萄白粉病的中国野生华东葡萄‘白河-35-1’的叶片接种白粉菌后深度测序分析。首先，比较现有常用比对软件Bowtie2、HISAT、SOAP2及TopHat2，分析葡萄转录组数据比对效率及其比对质量。然后使用HISAT比对结果，比较StringTie及Cufflinks组装‘白河-35-1’转录本，并对组装的转录本做可变剪切的分析比较。最后分析葡萄白粉菌病原菌诱导下寄主野生葡萄基因差异表达，挖掘葡萄白粉菌

8、诱导下的抗病相关基因，为进一步深入研究基因功能和葡萄抗病分子育种提供前期基础。结果表明（1）HISAT在Reads比对到葡萄基因上，比上总量Reads以及准确性上均高于其他软件；（2）StringTie在转录本组装效果以及识别的可变剪切类型均优于Cufflink