应用新一代测序技术快速定位QTL的统计分析方法

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1、分类号：Ｑ８１单位代码：１０３８９密级：：２１１０５６００１学号１福建农林大学博士学位论文应用新一代测序技术怏速定位ＱＴＬ的统计分析方法学科门类：理学－一．级学科名称：生物学二？级学科名称．生物信息科学与技术研究方向：基因组信息学研究生姓名：唐唯其指导教师：吴为人教授二〇一完成时间：六年四月分类号：Ｑ８１单位代码：１０３８９：２１１０５６１００１密级：学号福建农林大学博士学位论文应用新一代测序技术快速定位ＱＴＬ的统计分析方法学科门类：理学一级学

2、科名称：生物学二级学科名称：生物信息科学与技术研究方向：基因组信息学研究生姓名：唐唯其指导教师：吴为人教授＂二〇一完成时间：７＾年四月ＤｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎｆｏｒＤｏｃｔｏｒａｌＤｅｇｒｅｅｏｆＦＡＦＵＳｔａｔｉｓｔｉｃａｌＡｎａｌｓｉｓＭｅｔｈｏｄｆｏｒｕｉｃｋＭａｉｎｏｆｙＱｐｐｇＴＬｓ－ＱＵｓｉｎｇＮｅｘｔＧｅｎｅｒａｔｉｏｎＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙＤｅｇｒｅｅｃａｔｅｇｏｒ：ＳｃｉｅｎｃｅｙＤｉｓｃｉｌｉｎｅ：Ｂｉｏｌｏｐｇ

3、ｙＭａｏｒ：ＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｊＲｅｓｅａｒｃｈｆｉｅｌｄ：ＧｅｎｏｍｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓＳｔｕｄｅｎｔｎａｍｅ：ＴａｎｇＷｅｉｉｑＳｕｐｅｒｖｉｓｏｒ：ＰｒｏｆｅｓｓｏｒＷｕＷｅｉｒｅｎＳｕｂｍｉｓｓｉｏｎｔｉｍｅ：Ａｐｒｉｌ２０１６ＦｕｉａｎＡｒｉｃｕｌｔｕｒｅａｎｄＦｏｒｅｓｔｒＵｎｉｖｅｒｓｉｔＦＡＦＵｊｇｙｙ（）独创性声明本人声明），，所呈交的学位（毕业论文是本人在指导教师的指导下独立完成的研究成果，，并且是自己撰写的。尽我所知除

4、了文中作了标注和致谢中已作地方外成果一。与我了答谢的，论文中不包含其他人发表或撰写过的研究同对本研究做出贡献的同志，都在论文中作了明确的说明并表示了谢意，如被査有侵多Ｅ他人知识产权的行为，由本人承担应有的责任。ｐ学位（毕业）论文作者亲笔签名：日期：ｊ、论文使用授权的说明本人完全了解福建农林大学有关保留、使用学位（毕业）论文的规定，即学校有权送交论文的复印件，允许论文被查阅和借阅；学校可以公布论文的全部或部分内容，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文。。保密，在年后解密可适用本授权书□

5、不保密，本论文属于不保密。□＾１乂．ｔ？／学位（毕业）论文作者亲笔签名：日期：７？？丨ｉ指导教师亲笔签名．日期．ｐｄｔｊ１福建农林大学博士学位论文目录缩略语表１摘要３Ａｂｓｔｒａｃｔ５弓９第１章文献综述１３１１１３．高通量基因分型技术１２１４＿正Ａ遗传学１５１．３单基因定位的方法及其应用１１５．３．１人工诱变的单基因定位１．３．２自然变异的质量性状单基因定位２０２１１＿４多基因定位的概述ＳＡ－Ｓｅ－Ｓ２４１．

6、５比较Ｂｑ和ＩＳＡｅｑ６ＴＬＳＡ－Ｓ２６１．在Ｑ定位中的Ｂｅｑ案例及其方法第２章原理与方法３９－２１ＢＳＡ３９．Ｓｅｑ的试验设计－２２ＢＳＡＳｅ３９．ｑ的统计基础２．３Ｆｉｓｈｅｒ确切概率检验４１２４４２．估计显著阈值２５ＳＲ４３．计算显著率（）和局部回归拟合２．６识别ＳＲ峰和鉴定候选ＱＴＬ４４２．７估计ＱＴＬ的支撑置信区间４７２．８判断ＱＴＬ等位基因的效应方向４８２．９估计ＱＴＬ的遗传率和力口性效应４９福建农林大学博士学位论文２．１

7、０ｉｔｉ５３ｔ２．１０．１ＢＲｅＭ分析流程５３２．１０．２遗传率估计模型中的两个基本假设５５２．１０．３表型选择率的计算方式５６２．１０．４ｐ值的估计方法５７２１０５ＡＮＬＰ的性５７．．统计量质２．１０．６多标记联合进行数据平滑的作用５８第３章ＢＲｅＭ在酵母中的应用６３３．１６３弓Ｉ目３２６３．３２１．．数据来源６３３．２．２测序数据的前处理６３３．３结果与分析６４３１４．３．标记集鉴定结果６３３２显ＴＬ６５．．著

8、率和候选Ｑ３．３．３候选ＱＴＬ的支撑置信区间６８３．３．４选择局部区域重新拟合ＡＮＬＰ６９．．３３５候选ＱＴＬ的效应方向和遗传率７１３４．７２３４〗ＴＬ７２．．与原Ｑ定位结果的比较３．４．２推测的ＱＴＬ候选基因７４第４章ＢＲｅＭ在水稻中的应用７