计算分析疱疹病毒感染引起宿主基因转录组和表观遗传组的改变

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2、０１５年６月—答辩委主席签Ｙ独创性声明本人声＿新呈交翁学位论文是本人在导＿撥等下鐘Ｉｆ翁拼赞工称及戴耨＿’籲我两知＊錄Ｔ文＋特扇加《參康和致醱翁瑜韋外嫌竟參不包舍其镳人巴鐘囊翁處繼写谴■營徵戚‘也不魏奮Ｉｆ尊餐费徽大攀或其德載育一学位讓戴书面使用就錄＃‘与裁賴工作爾爾慮讀拿餐究辩儎商任翁赁歙均：已襄條文＋＃Ｔ嚇＿＿遞明＃靡４＾參学日霧：＞＾ｉｆ￥ｍＢ学位论文版杈使用授权书、、．傘学僮優文＃奢宪金了＿庚齷太攀謇．美镢曹被爾攀位德文＿親窕，＿僳齎籍翻爾

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4、病毒，基因组全长１，可以编超过的人被Ｈ。，ＨＳＶ－１从外周神经节感觉神经元进入潜伏期感染。应急信号可以引起ＨＳＶ－１在，感觉神经元重激活，裂解感染确保表皮细胞神经元活化最终造成唇痕瘆，脑膜－正炎，甚至导致死亡。ＨＳＶ１裂解期感染是快速展开，即早期基因ｉｍｍｅｄｉａｔｅｅａｒｌｙ，（）Ｉ的表达，包括ＣＰＯ和ＩＣＰ４，这些基因的表达可以立即招募宿主的ＲＮＡ聚合酶－和其他的转录调控因子，从而促使ＨＳＶ１病毒的早期基因的表达，准备开始病毒ＤＮＡ的合成和晚期基因的表达，而晚期基因是在病毒

5、感染６小时后才开始表达的。在以上所提及的生物过程中，病毒可以利用宿主的调控因子，宿主的反应。和途径来促进病毒的复制宿主细胞遭到病毒的入侵后，可以引起许多宿主反应，比如激活干扰素途径，ＤＮＡ损伤反应，凋亡和其他的抑制病毒增长的机制。而病毒基因自身编码的蛋白因子可以抵抗以上所说的宿主反应，从而确保病毒可以－顺利地转录，基因组合成和组装。比如ＩＣＰ３４．５是干扰ＩＮＦＰ途径的关键性的病毒因子；ＩＣＰ２７和ＩＣＰ２２是宿主凋亡反应的调控因子，通过失活ＡＴＲ激酶来抑制ＤＮＡ损伤反应；Ｉ

6、ＣＰＯ通过在ＤＮＡ损伤反应中替换宿主沉默复合物ＣｏＲＥＳＴＲＮＦ８ＲＮＦＶ－以及降解和１６８，从而抑制宿主转录沉默活性；ＨＳ１也编码ＩＣＰ２７来抑制ＲＮＡ可变剪接和ＶＨＳ降解宿主ＲＮＡｓ。尽管已经有这些研宄进展，但是病毒与宿主之间的表观遗传相互作用依然不是完全了解。ＨＳＶ－１在人类表皮细胞进行裂解期感染并且剧烈的改变宿主细胞核。以前的ＤＮＡ芯片分析感染的小鼠角膜和小鼠胚胎成纤维细胞（ＭＥＦ），揭示广泛的宿主ＲＮＡ－ＨＳＶ－基因表达谱的改变。在这里我们通过高通量测序ｓｅｑ，分析了

7、１感染－差异基因表达人类表皮纤维ＢＪ细胞的ＲＮＡｓｅ，可变剪接，可变加尾和ｑ，发现－基因变体变化。与对照组相比，ＨＳＶ１感染后引起９７８个上调基因和６１个下调，１７１８２７基因同时造成２个可变剪接，１６个可变加尾和１个基因异构体。结果表明，我们发现超过７００个基因的基因异构体发生变化。有意思的是，ＧＯ分析揭示，参与神经元生成的基因在病毒感染后显著上调，而在可变剪接，可变加尾ＩＯ和基因异构体方面没有任何变化，表明可能是由于ＣＰ的去抑制，造成神经元Ｉ计算分析疱疫病毒感染引起宿

8、主基因转录组和表观遗传组的改变基因显著上调。我们找到了许多病毒与宿主相互作用的重要基因，比如转录调控因子ｂｒｄ２和ｃｂｘ４。我们还发现了１０８个基因参与ＲＮＡ代谢，包括选择性降解ＡＲＥ元件细胞因子功＞３６。分析结果揭示了许多新的参与病毒与宿主相互作用的基因，并且暗示可变剪接和可变加尾作为重要的机制，在病毒感染的细胞中产生新的调控功能。有趣的是，病毒感染引起宿主染色质急剧动态重组，比如在全基因组中，将近９０％的在