探析一个高分子模拟计算网格的作业管理

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1、上海大学硕士学位论文一个高分子模拟计算网格的作业管理姓名：邓志云申请学位级别：硕士专业：计算机系统结构指导教师：郑衍衡20050101上海大学硕士学位论文摘要高分子科学是一门比较年轻的、学科间高度交叉、高度融合的新兴边缘学科，进行高分子科学的研究具有越来越重要的意义。通过计算机模拟是高分子合成研究的一种重要的手段，网格技术的出现和发展，为其进一步研究工作提供了更加有效的手段和途径。高分子模拟计算网格是一个基于网格OGSI规范和网格核心中间件的网格计算环境，为从事化学与材料制备基础研究的人员提供了分子模拟软件、

2、计算资源、结果共享的平台。利用这个平台，研究人员可以使用各种资源进行复杂的分子模拟等科学研究。本文根据高分子模拟问题的特征，研究和实现了一个有效的高分子模拟网格的作业管理服务组件，满足了高分子模拟作业对网格资源和服务的需求，实现了对网格资源的优化使用，为网格用户提供了更好的网格资源服务共享。其主要贡献在于：①针对目前网格系统的应用状况，设计和实现了一个基于作业提交管理的高分子模拟网格门户，它是用户与网格系统之间的桥梁，为网格用户提供了一个有效的作业提交界面，实现了用户私有数据和访问权限的分配管理，定义了用于作

3、业信息交互的作业规范描述文档JSD，并能够根据作业的请求信息自动生成对应的JSD。②针对高分子模拟问题的特点和网格需求，提出了全局调度池模型，设计和实现了基于作业优先级和资源优先级的“二最”抢先调度算法，按照合理的次序实现了作业到实际的资源节点的资源映射和重定向，有效地保证了作业调度的决策效率。③根据用户对其作业信息交互的需求，设计和实现了网格作业的运行和有效监视控制服务，根据作业分配的资源信息，将其提交到实际的网格资源节点上运行，并负责收集运行作业的有效信息，根据控制需求实现对其进行各种调度操作和信息反馈。

4、目前，该作业管理服务组件已成功的部署和运行在高分子模拟计算网格平台中，并于2004年11月在上海国际工业博览会上成功地展出，现在已投入到上海高校网格系统中进入试运行。关键词：高分子模拟，网格计算，作业规范文档，作业调度，抢先调度算法上海大学硕士学位论文AbstractMacromoleculescienceisanemergingedgediscipline，whichquiteyoungwithhighdisciplinesoverlappingandfuses．Researchcarriesonthema

5、cromoleculesciencehasreceivedmoreandmorevitalsignificance．Computersimulationisanimportanttoolforresearchingonmacromoleculesynthesis．Withtheappearanceanddevelopmentofgridtechnology,amoreeffectivemethodforfurtherresearchworkisprovided．Macromoleculesimulationc

6、omputationalgridisacomputationenvironmentbasedonOGSIstandardandgridcoremiddleware．tthasprovidedmolecularsimulationsoftware，computationresourcesandinformationsharingplatformforchemistryandmaterialsciencebasicresearchers．Complexmolecularsimulationcanbecarried

7、Oilbyusinggridresources．Inthispaper,wehavestudiedandrealizedaneffectivejobmanagementservicemoduleaccordingtothecharacteristicofthemacromoleculesimulation．Itsatisfiedthemacromoleculesimulationrequirementonresourcesandservices．Itrealizedtheoptimizationonusing

8、ofgridresourcesandprovidedbettergridresourcessharingforgridusers．Ourcontributionsarelistedasfollows．①Aimingatthepresentuseconditionofthegridsystem，amacromoleculcsimulationgridportalbasedonjobsubmitmana