合浦珠母贝遗传连锁图谱构建、QTL定位及热休克蛋白基因HSP22的克隆与表达研究

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1、学校代码：10264研究生学号：M150150286上海海洋大学硕士学位论文合浦珠母贝遗传连锁图谱构建、QTL定位及热休克题目：蛋白基因HSP22的克隆与表达研究GeneticlinkagemapconstructionandQTLmappingandcloningandexpressionofheat英文题目：shockprotein22geneinthepearloysterPinctadafucata专业：渔业研究方向：水产动物遗传育种姓名：周童指导教师：喻达辉研究员二〇一八年五月上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：

2、我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入

3、有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注中国科学院南海海洋研胡超群研究员主席究所中国水产科学研究院南江世贵研究员委员海水产研究所牛津中山大学副教授委员委员委员委员中国水产科学研究院南杨丽诗副研究员秘书海水产研究所答辩地点欣海楼七楼会议室答辩日期2018.5.26上海海洋大学硕士学位论文合浦珠母贝遗传连锁图谱构建、QTL定位及热

4、休克蛋白基因HSP22的克隆与表达研究摘要合浦珠母贝（Pinctadafucata）是世界上培育海水珍珠的主要贝种，其分布广泛，在太平洋、印度洋和大西洋的主要热带和温带海洋都有分布。它也是中国重要的海水养殖种类，其培育的珍珠即为闻名遐迩的“南珠”，具有极高的经济价值。中国合浦珠母贝的遗传育种研究经历了十余年的发展，在不同年代提供了针对养殖育种现状和经济需求的多种研究思路及方案，并取得过丰硕成果。随着现代生物技术不断进步发展，各种水产动物包括合浦珠母贝的遗传育种都迎来了新的思考角度和发展机遇。相比传统的家系选育需要多个世代长达十几年

5、的育种年限，现代生物技术能大大加速育种的效率，也能针对种质衰退、养殖环境恶化等现状，提供多水平更精准的遗传育种解决方案。全基因组SNP分型技术能对合浦珠母贝遗传育种工作带来技术上的进步升级，具有广阔的研究及应用前景。为此，本研究以合浦珠母贝为研究对象，开展的研究包括（1）基于GBS简化基因组技术的大规模SNP标记的开发、注释及个体基因分型；（2）利用开发的SNP标记构建高密度遗传连锁图谱，并结合采集的该家系表型信息，进行QTL定位及分析；（3）克隆了合浦珠母贝热休克蛋白基因HSP22，并探究了高温胁迫下，类胡萝卜素对HSP22基因

6、的表达影响。主要结果如下：（1）对构建的10个合浦珠母贝家系的亲本及对应子代共计978个个体进行GBS简化基因组测序，统计比对结果发现，所有样品获得的标签平均数目为312,008个，平均测序深度为13×，对基因组的覆盖度范围为0.84%~12.50%；对合浦珠母贝全部样品的测序数据进行分型，共计获得129,584个SNP位点，注释结果显示整体变异率为每4,875个碱基出现1次变异；（2）构建出A7家系的遗传连锁图谱，上图标记数为2,485个，共生成14个遗传连锁群，图谱总长度为1,697.01cM，全部连锁群平均标记间隔为0.69

7、cM；对9个性状进行QTL定位，共定位到与7个性状相关的13个主效QTLs，各QTL位点的LOD值范围为3.57~5.78，可解释表型变异范围为17.0%~26.1%；I上海海洋大学硕士学位论文（3）获得了HSP22基因cDNA序列，命名为PfHSP22，NCBI登录号为MG013985，其全长2,187bp，开放阅读框699bp，编码232个氨基酸。常温条件下，PfHSP22在类胡萝卜素含量高的橘色组和含量低的白色组的各组织均有表达，足中表达量最高，且橘色组均显著高于白色组（P<0.05），表明类胡萝卜素含量高低可能影响PfHS

8、P22的基础表达水平。高温胁迫时，橘色组和白色组各组织PfHSP22表达量在前3小时基本呈现下降趋势，之后呈现出升高或下降的复杂变化；其中一些组织的PfHSP22表达量显著升高时间是橘色组晚于白色组，可能是由类胡萝卜素含量差异引起。这些结果为进一步