0剪接基因与密码子和互补密码子的生物信息学分析

《0剪接基因与密码子和互补密码子的生物信息学分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、厦门大学硕士学位论文疾病相关的选择性剪接基因与密码子和互补密码子的生物信息学分析姓名：黄惠芳申请学位级别：硕士专业：生化与分子生物学指导教师：纪志梁;马飞20060501厦fJ大学硕士学位论文摘要遗传密码子(GeneticCodes)是连接基因和蛋白质的桥梁。通过研究密码予与互补密码予在疾病选择性剪接形成及物种进化中使用频率的差异，将有助于从新的角度来了解选择性剪接的进化及其导致人类疾病的可能分予机制。本文统计分析了118个人类疾病相关的选择性剪接基因编码区中2，903个单核苷酸替代的特征：在选择性

2、剪接基因的单碱基替代中，最普通的替代类型依次是CfT(C／T或T／C)(31．97％)和AIG(28．14％)替换、GIT(13．65％)和ClG(12．47％)，AIC和AIT替换是较少的，分别为7．44％和6．34％。转换(AIG和CIT)60．11％大于颠换(AlE、BIT、AIT和ClG)39．89％。密码予第一、第二和第二位碱基替代的等次分别为C>G>A>T、G>C>T>A和C>G>T>A，其比例分别为49．26％、42．16％和8．58％。在对60种牛物(13种真核生物，26种细菌，5种

3、古细菌和16种病毒)基因组和60种细胞器(40种线粒体和20种叶绿体)基因组的密码子与互补密码子数据的分析中，显示密码了与互补密码予存在显著或极显著的相关性。对70个物种(5个古细菌，20个真核生物和45个细菌)基因组密码予与百补密码子的分析支持了上一步的结果，并发现密码子与互补密码子的使用相关系数和Gc含量之间存在显著的相关性。基于密码子与瓦补密码予使用频率差异，我们构建了密码予与互补密码子使用的进化树；结果表明密码了与互补密码子使用的进化树可以反应物种的协同进化过程。关键词：选择性剪接；疾病；密

4、码子使用偏爱厦门人学硕士学位论文AbstractGeneticcodeisthebiologicallanguageincommunicationbetweenDNAandprotein．Torevealtheroleofdifferentusageofgeneticcodonsandtheircomplementarycodonsintheevolutionofdisease—associatedalternativesplicing，18alternativelysplicedhumangene

5、swith2，903nucleotidesubstitutionswellstatisticallyanalyzed．Itisfoundthatnucleotidetranitionshasoverallpreponderanceovernucleotidetransversions(60．11％versus39．89％、．Thepropobilityofsubstituationinthefirst，secondandthirdbaseofcodonsall49．26％，42．16％and8．58

6、％，respectively．Amongtri—nucleotides(triplets)formedbythesubstitutions(denotedasN)andtheirimmediateneighboringnucleotides(5’to3’)，1,866(64．28％)areofpyrimidine-N—purineorpurine-N—purinetypes．Futherexonanalysisofthesedisease-relatedgenesfoundthatsinglebas

7、esubstitutionsallmuchdenserwithinthefirstandlasttwoexonsthanthatofmiddleexons．83．91％ofsubstitutionshaveoccurredwithinexonsthathaveamediumrange(40～65‰ofGCcontent．Largerexonsseemtohavesufferedfewersubstitutions．Additionalstudyof44cellularorganisms，16viru

8、ses，40mitochondriaand20chloroplastsindicatesthatthereexistsignificantcorrelationbetweencodonsandcorrespondingcomplementarycodonsusageinspeciesexceptvirus．Moreover，phylogentictreewasgeneratedbasedonthisfinding，whichiscomparabletotraditio