广东省鼠形动物携带巴尔通体的调查和全基因组测序分析.pdf

《广东省鼠形动物携带巴尔通体的调查和全基因组测序分析.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、万方数据分类号UDCIIllllIIJillIIIJ[IIIfY3474790密级编号角方霜纠硕士学位论文广东省鼠形动物携带巴尔通体的调查和全基因组测序分析InvestigationandWhole-GenomeSequencingandAnalysisofBartonellainRodentsinGuangdongProvince导师姓名专业名称培养类型论文提交日期李雪云柯昌文教授公共卫生专业型2018年5月30日万方数据南方医科大学2015级硕士学位论文广东省鼠形动物携带巴尔通体的调查和全基因组测序分析InvestigationandWhole--Ge

2、nomeSequencingandAnalysisofBartonellainRodentsinGuangdongProvince课题来源：国家科技部重点专项“新发突发病原体发生和演化过程中的关键调频分子及其机制研究”(2016YFCl200201)学位申请导师姓专业名培养类培养层所在学人李雪云名柯昌文教授称公共卫生型专业型次硕士研究生院公共卫生学院答辩委员会主席答辩委员会成员江丽芳教授冯立强研究员江振友教授柯昌文主任技师姜建国教授费嘉教授2018年5月30日广州万方数据硕士学位论文广东省鼠形动物携带巴尔通体的调查和全基因组测序分析硕士研究生：李雪云指导教

3、师：柯昌文摘要研究目的1．调查了解广东省鼠形动物中巴尔通体的流行分布情况和遗传进化特征，为巴尔通体疾病的防控提供依据；2．利用高通量测序技术对巴尔通体菌株测序，获得巴尔通体全基因组序列信息，初步分析其功能基因，并对巴尔通体毒力基因和致病机制进行初步探讨。研究方法1．本研究依据广东省地理方位，选取省内中东西分布的7个地区进行捕鼠，采集鼠肝脏标本提取总核酸。2．利用聚合酶链反应(PCR)检测巴尔通体核酸，先对样本通过Real．timePCR方法检测巴尔通体非编码RNA(ssrA)基因，对扩增阳性的样本进行分离培养，并进一步用普通PCR扩增枸橼酸合成酶基因(gl

4、tA)，长度约379bp；和RNA聚合酶亚单位基因(rpoB)，长度大小约866bp，将扩增产物送至公司测序。3．对ssrA、gltA、rpoB测序所得序列在NCBI中进行同源性比对，利用Mega6．0软件测试选取构建拓扑结构的最适模型，通过邻近法(Neighbor-joiningMethod)和最大似然法(MaximumLikelihoodMethod)构建系统发育树，分析万方数据摘要进化关系。用SPSSl9．0对统计数据进行处理，不同组间感染率的比较用矛检验和Fisher’S概率确切法。4．通过IonTorrentPGM测序平台对两株巴尔通体进行全基因

5、组测序，用RAST平台对基因功能进行注释，获得全基因组精细图，并对功能基因和毒力基因进行对比分析。研究结果1．本研究在广东省惠州，佛市，茂名，云浮，潮州，揭阳、河源7个地区，共采集鼠肝脏组织样本495份，隶属2目3科6属8种。检测鼠形动物巴尔通体总感染率为12．52％。感染鼠种有褐家鼠、黄胸鼠、屋顶鼠、黄毛鼠、板齿鼠和食虫目动物臭嗣黯。2．各地区鼠形动物巴尔通体感染率存在差异(P=0．008)，且巴尔通体基因型构成不同，除了佛山之外，其余地区均有两种以上的巴尔通体基因型。不同鼠形动物间巴尔通体感染率有差异(P=O．014)：性别(P=0．826)、生境(P

6、=0．512)对鼠形动物巴尔通体感染率没有影响。3．同源性和系统进化分析表明，所测的鼠形动物中主要存在7种基因型的巴尔通体，为伊丽莎白巴尔通体(B．elizabethae)、汉赛巴尔通体(B．henselae)、罗莎利马巴尔通体(B．rochalimae)、特利波契巴尔通体(B．tribocorum)、库珀巴尔通体(B．coopersplainsensis)、昆州巴尔通体(B．queenslandensis)和菲西巴尔通体(B．phoceensis)。4．测序的B1601菌株为B．elizabethae，全基因组大小为1929474bp，GC含量39．91

7、％；B．1607为B．queenslandensis，全基因组长2173468bp，GC含量39．78％。两株菌株均有前噬菌体基因和鞭毛相关基因，同时毒力基因构成也有所差异，为巴尔通体致病性和致病机制的研究提供了线索。研究结论巴尔通体在广东省鼠形动物中广泛存在，且基因型呈多样性，其中存在4种对人类有致病性的基因型，对人类健康具有潜在威胁。两株巴尔通体具有与II万方数据硕士学位论文细胞粘附及侵袭致病相关的功能基因，与其他菌株对比某些基因存在差异，但与致病性和致病机制的关联还有待进一步探究。由于鼠形动物与其他动物及人类的关系密切，其巴尔通体的感染可能传播给其他

8、宿主，并造成人类巴尔通体病的隐性感染或引起临床疾病，因此需加强动物