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1、HEREDITAS(Beijing)2007年12月,29(12):1434―1442ISSN0253-9772www.chinagene.cn综述DOI:10.1360/yc-007-1434基于微阵列数据构建基因调控网络刘万霖,李栋,朱云平,贺福初蛋白质组学国家重点实验室,北京蛋白质组研究中心,北京放射医学研究所,北京100850摘要:随着微阵列数据的快速增长,微阵列基因表达数据日益成为生物信息学研究的重要数据源。利用微阵列基因表达数据构建基因调控网络也成为一个研究热点。通过构建基因调控网络
2、,可以解读复杂的调控关系,发现细胞内的调控模式,并进而在系统尺度上理解生物学进程。近年来,人们引入了多种算法来利用基因芯片数据构建基因调控网络。文章回顾了这些算法的发展历史,尤其是其在理论和方法上的改进,给出了一些相关的软件平台,并预测了该领域可能的发展趋势。关键词:微阵列时间序列;基因调控网络;贝叶斯网络;布尔网络ConstructinggeneregulatorynetworkfrommicroarraydataLIUWan-Lin,LIDong,ZHUYun-Ping,HEFu-ChuSt
3、ateKeyLaboratoryofProteomics,BeijingProteomeResearchCenter,BeijingInstituteofRadiationMedicine,Beijing100850,ChinaAbstract:Withtherapiddepositionofthemicroarraydatainrecentyears,microarraydatahasincreasinglybecomeanimportantdatasourceforbioinformatic
4、sresearch.Basedonmicroarraydate,constructinggeneregulatorynetworkshasalsobecomeahotspot.Byconstructingthegeneregulatorynetwork,wecanidentifythecomplicatedregulatoryrelationships,uncovertheregulatorypatternsinthecell,andgainthesystematicviewforbiologi
5、calprocess.Recently,manyalgorithmshavealsobeenintroducedinthisfieldtodeterminegeneregulatorynetworksbasedonsuchhigh-throughputmicroarraydata.Inthispaper,wereviewthedevelopmentofthesealgorithms,withaparticularemphasisontheirimprovementofthe-oryandmeth
6、od.Atlast,wepresenttheavailablesoftwareandplatformanddiscussthedevelopmenttrendsinthisfield.Keywords:time-seriesmicroarray;generegulatorynetwork;Bayesiannetwork;Booleannetwork通过分析微阵列数据构建基因调控网络是研究达数据构建基因调控网络也成为了最近的一个研究调控关系重要方法之一。近年来,随着微阵列数据热点。产出量的快速增长
7、,微阵列基因表达数据日益成为基因调控网络(generegulatorynetwork,GRN)是[1]生物信息学研究的重要数据源。分析微阵列测定的指一组调控因子如何调控一套基因表达的过程。基因表达谱数据,可以对复杂的调控关系进行解读,构建和分析基因调控网络,可以从分子水平认识细从而增进对细胞内调控模式的了解,有助于人们从胞内的生理活动和功能,了解通路中的相互作用,整体上理解生物学进程。因此,利用微阵列基因表以及如何使生物体产生变化。这有助于了解复杂的收稿日期:2007−05−31;修回日期:20
8、07−10−14基金项目:国家重点基础研究发展规划(973计划)项目(编号：2006CB910802,2006CB910706),国家高技术研究发展计划项目(863计划)资助(编号：2006AA02A312)[SupportedbyNationalBasicResearchProgramofChina(973Program)(No.2006CB910802,2006CB910706)andHi-TechResearchandDevelopmentProgramofChina(863Program
