ion torrent-采购建议书

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1、IonTorrent采购建议书2011.11目录一、IonTorrent半导体测序仪的介绍二、IonTorrent的主要应用三、Lifetech公司介绍四、部分用户名单五、IonTorrent配套周边设备耗材清单六、IonTorrent运行成本核算方法一、IonTorrent半导体测序仪的介绍仪器介绍IonTorrent公司于2007年成立，创始人JonathanRothberg是大规模并行测序的发明人，继454测序技术之后又发明了基于半导体技术的最新测序技术IonTorrent。2010年Lifetech公司收购了

2、IonTorrent公司，更多的信息请登陆www.iontorrent.com，IonTorrent又称PersonalGenomeMachine（PGM，个体化操作基因组测序仪）。IonTorrent（图1）的核心技术是使用半导体技术在化学和数字信息之间建立直接的联系。在半导体芯片的微孔中固定DNA链，随后依次掺入ACGT。随着每个碱基的掺入，释放出氢离子，在它们穿过每个孔底部时能被检测到，通过对H+的检测，实时判读碱基。与其他测序技术相比，使用该项技术的测序系统更简单、更快速、及更易升级。IonTorrent由于

3、硬件设备无需光学检测和扫描系统，并且使用天然核苷酸和聚合酶、无需焦磷酸酶化学级联，无需标记荧光染料和化学发光的配套试剂，因此测序成本低，其应用范围涵盖Sanger方法和已有高通量测序技术的应用，如基因组DNA序列测定，RNA-seq，表观遗传学，DNA扩增子测序等。同时由于IonTorrent测序快速，还可以作为已有高通量测序平台建库质量的评估平台，节省了已有高通量测序平台的高额测序成本和测序时间。该技术的主要技术路线是：将待研究的DNA样品通过物理作用打碎成200-300bp的小片段，通过文库测序试剂盒在模板片段两

4、端加上寡聚核苷酸，完成文库的构建。DNA文库在OneTouch系统上实现文库模板在小磁珠上的扩增和富集，将富集的磁珠加样到芯片上，放入IonTorrent设备，2-3个小时之内完成测序过程，使用314芯片可以获得10M的碱基数据，316芯片可以获得100M的碱基数据,318芯片可以获得1G的碱基数据。仪器特点1.更简单：系统无激光光源，无光学系统，无照相系统；使用无标记的核苷酸及酶进行测序，本底干扰低。通过对H+的检测，判读碱基；与454相比较更好的解决了PolyN的问题，有用户数据显示，可以成功检测连续8个N（图2

5、，图3）。2.更快速：2个小时完成一轮测序反应，并实现实时检测。3.更易升级：半导体技术的升级遵循Moore定律，即芯片的性能将以指数函数地提高；通量为10M，100M和1G芯片可以任意选择；目前承诺单端读长>200bp，双端读长>400bp预计每半年数据通量将提升10倍。318芯片316芯片314芯片IonTorrent半导体测序仪（图1）IonTorrenthighaccuracyfor8and9mer（图2）IonTorrenthighaccuracyfor8and9mer（图3）二、IonTorrent的主要

6、应用◎基因组DNA序列测定基因组学的研究，过去都是采用多种功能基因组学研究手段结合的方法(包括高通量基因组测序，大规模基因表达序列标签即EST测定、传统基因芯片分析、基因组扫描、比较基因组杂交和生物信息学手段建立数学模型等)，同时结合Sanger测序技术围绕典型的异常变化做深入研究。以已有高通量基因测序技术为例，存在着测序周期长，成本高，灵活性不足，实验操作复杂等问题，因此开展实验的可操作性不强。而以传统基因芯片平台为例，存在着仅对已知基因进行定性的模拟分析，因此在研究的创新性和探索性上都受到限制，新的半导体测序平台

7、IonTorrent将很好的弥补过去技术的不足，主要表现在:（1）实验操作简单，运行时间短：IonTorrent的标准测序时间仅为2-3小时，一天（24小时）之内，使用一台IonTorrent就可以完成至少8轮实验，以318芯片为例，可以获得至少8Gbp的碱基数据，是Sanger测序方法每天测序通量的4000倍，同时也弥补了已有高通量测序方法“无快速测序模式”的缺陷。（2）测序成本低：以2M的目标序列测定为例，使用316芯片，经过2-3个小时的测序，可以达到50倍的覆盖度，其实验成本低于1500美金，约为Sanger

8、测序方法实验成本的1/6。以大基因组测序为例，可以使用通量更高的318芯片进行实验，其实验成本较比Sanger测序方法会更低，而与已有高通量测序技术相比，趋于持平。另外，衡量测序成本的另一个角度是开机成本，IonTorrent的开机成本低于1000美金，而已有高通量测序平台的开机成本为上万美金，因此已有高通量测序平台的用户们为了不浪费试剂和测序