第二代测序技术对于肝细胞癌的研究--外显子测序及转录组测序的发现及验证

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1、第二军医大学硕士学位论文第二代测序技术对于肝细胞癌的研究一外显子测序及转录组测序的发现及验证TheStudyofHumanHepatocellularCarcinomasRevealedbyWhole--exomeandTranscriptomesequencing研究生姓名：刘元学号：20091332指导教师：王红阳教授学科、专业：肿瘤学学位类型：科学学位—独创性声明本人声明所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行的研究工作。除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表

2、示谢意。本人承担本声明的法律责任。学位论文作者签名：·’，．JJ么√f日期：如1啤J月叫日学位论文版权使用授权声明本人完全了解第二军医大学有关保留、使用学位论文的规定，第二军医大学有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版。允许论文被查阅和借阅。本人授权第二军医大学可以将学位论文全文或部分内容编入《中国学位论文全文数据库》、《中国优秀博硕士学位论文全文数据库》等数据库进行检索。可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。(保密的学位论文在解密后适用本授权书)学位论文作者签名．叫￡日期：西l父年r月j／日rr‘1P～、fo■户一，一一·_别磁轹荽嚣篝：．‘’

3、l毒El期：年‘‘月⋯、日JJ中文摘要⋯⋯⋯⋯⋯。’英文摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯英文缩略词表⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．正文目录第二代测序对于肝细胞癌的研究引言．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯8材料和方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．9材料⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．9主要仪器设备⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯lO研究方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11测序数据处理及筛选⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

4、．．17样品制备和病历资料⋯⋯⋯⋯。j⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．17统计分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯17部分定量PCR引物⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯18实验结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．20外显子测序和转录组测序对肝癌样本进行检测筛选CNV⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯20对于体细胞突变的1lql3．2-13．3和19q13．2扩增区段的检测⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯20融合基因PPFIAl-SHANK2的发现⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一26二代测序技

5、术与芯片技术的比较⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯～29讨论．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯30参考文献⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．32附录第二代测序其它的发现及验证⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．35转录组测序发现GPC3基因新转录本⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯35转录组测序发现肝母细胞瘤自噬相关基因差异表达⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．36文献综述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．⋯．．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．40TGFB信号转导通路与原发性肝癌⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯40在读期间发表论文基金申请及奖励⋯⋯⋯。⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

6、⋯⋯⋯⋯⋯．．52蓟【谢⋯。⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。53第二代测序技术对于肝细胞癌的研究摘要研究背景和目的：原发性肝癌(Primarylivercancer，PLC)是世界第八大癌症，全球每年新发生肝癌约为100万例，并且每年会造成约50万人死亡。肝细胞癌(HepatocellularCarcinoma，HCC)约占成年人原发性肝癌的80．90％，在美国，肝细胞癌患者的五年生存率只有8．9％，流行病学调查显示，约有50％的肝细胞癌由乙型肝炎病毒(HepatitisBvirus，HBV)感染引起。过去的几十年里，

7、在驱动肝癌发生的分子机制方面有很多进展，许多基因都发现与肿瘤的发生发展有重要关系，例如抑癌基因(TP53，p16和p21)以及促癌基因(13．catenin，ErbB家族，COX．2和HGF)等。另外，肝癌细胞会发生大量基因组的改变，包括染色体不稳定性、CpG岛甲基化、DNA重排、核苷酸置换和微卫星不稳定等，体细胞遗传畸变已被证明是肿瘤发生发展的始动因素，包括单碱基替换、易位及基因组拷贝数变化，并且芯片技术早己被系统的应用于细胞基因组变化的研究。第二代测序技术(Nextgenerations