复杂网络聚类算法在生物网络中的应用

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1、ISSN1673-9418CODENJKYTA8E-mail：fcst@public2.bta.net.cnJournalofFrontiersofComputerScienceandTechnologyhttp：//www.ceaj.org1673-9418/2010/04（04）-0330-08Tel：+86-10-51616056DOI：10.3778/j.issn.1673-9418.2010.04.005复杂网络聚类算法在生物网络中的应用*田野1，2，刘大有1，2+，杨博1，21.吉林大学计算机科学与技术学院，长春1300122.吉林大学符号计算与知识工程教育

2、部重点实验室，长春130012*ApplicationofComplexNetworksClusteringAlgorithminBiologicalNetworks1，2，LIUDayou1，2+，YANGBo1，2TIANYe1.CollegeofComputerScienceandTechnology，JilinUniversity，Changchun130012，China2.KeyLabofSymbolicComputationandKnowledgeEngineering，MOE，JilinUniversity，Changchun130012，China+C

3、orrespondingauthor：E-mail：dyliu@jlu.edu.cnTIANYe，LIUDayou，YANGBo.Applicationofcomplexnetworksclusteringalgorithminbiologicalnet－works.JournalofFrontiersofComputerScienceandTechnology，2010，4（4）：330-337.Abstract：Complexnetworksareprevalentintherealworld，theyhavesmall-worldandscale-freeprop

4、erties.Net－workcommunitystructureisoneofthemostimportanttopologicalpropertiesofcomplexnetworksamongitsstatis－ticalproperties.Usingtheclusteringalgorithmincomplexbiologicalnetworkscanhelpustorevealthecommunitystructureofbiologicalnetworks，whichishelpfultoanalyzethetopologicalstructuresofb

5、iologicalnetworks，pre－dictthefunctionofcommunitystructure.Thispaperreviewstheapplicationandtheprogressofcomplexnetworksclusteringalgorithmusedinprotein-proteininteractionnetworksandmetabolicnetworks，analyzestheevaluationfunctionofseveralclusteringalgorithmsandtheirapplicationofoccasions，

6、anddiscussesthemajorproblemsinclusteringalgorithmofthebiologicalnetworks.Keywords：complexnetworks；clustering；protein-proteininteractionnetworks；metabolicnetworks；biologicalnetworks摘要：复杂网络在现实世界中普遍存在，具有小世界性和无标度性等统计特性，网络簇结构是复杂网络重要*TheNationalNaturalScienceFoundationofChinaunderGrantNo.60603

7、030，60773099，60873149，60503016，60703022（国家自然科学基金）；theNationalHigh-TechResearchandDevelopmentPlanofChinaunderGrantNo.2006AA10Z245，2006AA10A309（国家高技术研究发展计划（863））；模式识别国家重点实验室开放课题.Received2009-11，Accepted2010-01.田野等：复杂网络聚类算法在生物网络中的应用331的拓扑属性之一。在复杂生物网络中使用聚类算法揭示生物网络中的簇结构对分析生物网络