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《化学结构的计算机处理_v_几类重要歧义化学结构的解决方案》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、第16卷 第3期计算机与应用化学Vol116,No131999年5月28日ComputersandAppliedChemsitryMay,1999·综述·化学结构的计算机处理(V)①几类重要歧义化学结构的解决方案罗时玮 姚建华(中国科学院上海有机化学研究所,中国科学院计算机化学开放实验室 上海 200032)摘 要 根据歧义结构的不同特点,结合计算机结构处理的实际要求,可将歧义结构分为互变异构、环交替键化合物、带离域电荷离子、配价键化合物、金属盐、有机氮盐及类似物、多肽、碳水化合物等不同类型,分别采用转换录入、选择录入、多重录入等方式解决结构歧义性问题。本文介绍实际处理中
2、的一些基本算法,并举例说明。关键词 结构处理,歧义结构中图号 O6-39COMPUTERHANDLINGOFCHEMICALSTRUCTURES(V)SolutionofSomeImportantAmbiguousStructuresLUOShi2WeiYAOJian2Hua(LaboratoryofComputerChemistry,ShanghaiInstituteofOrganicChemistry,ChineseAcademyofSciences,Shanghai200032)ABSTRACTAccordingtothecharacteristicsofambig
3、uousstructuresandthepracticalrequirementsoftheircomputerhandling,thesestructurescouldbedividedintotautomers,ringcompoundswithalternatingbonds,delocalizedioniccom2pounds,coordinationcomplexes,peptides,carbohydratesetc.Theproblemsincomputerhandlingofambiguousstructurescanbesolvedbythreemeth
4、ods,multiple2record,selectionandtransformation,respectively.Thebasicalgorithmsforhan2dlingambiguousstructureswerepresentedwithillustrationexamples.KEYWORDSStructurehandling,Ambiguousstructures1 歧义结构的分类化合物种类繁多,表达形式各异,其中歧义结构的形式也是多种多样的,因而分门别类地处理可使问[1]题易于解决。歧义结构大致可分为两类:(1)化学结构都属于图S(A+Laa);(2)
5、化学结构中有一部分不是数学意义上的图S(A+Lal)、S(A+Lp)和S(A+Lal+Lp)。对于第一类歧义结构,我们只需考虑如何使歧义结构能被计算机所识别,并表达同一化合物分子即可。对于第二类歧义结构,则必须先将该化学结构图转换为图S(A+Laa),然后进行下一步处理。依此分类方式,属于第一类的化合物有互变异构体、交替键化合物、带离域电荷离子、配价键化合物、无机化合物、金属盐、有机氮盐及类似物、加成化合物、多肽、碳水化合物、共振化合物等;属于第二类的化合物有π络合物、硼烷、索烷、轮轴化合物、缠结化合物等。属于第一类的化合物都是一些常见类型,而第二类中除π络合物和硼烷外,
6、均较为罕见。2 几类重要歧义化学结构的解决方案在满足化学结构图都是数学意义上的图的基础上,歧义结构的解决方案可分为三类,即转换录入、选收稿日期:1998-07-25,收修改稿日期:1999-02①国家计委“九五”攻关(962547201)、国家自然科学基金(29573148)和中法先进研究计划(PRAM96206)资助项目162计算机与应用化学16卷择录入和多重录入。211 转换录入转换(Transformation)是将代表一化合物分子的所有可能结构都转换成一个统一的描述形式。在这种转换过程中,应保留尽可能多的结构特征信息。为此,在转换过程中要对被转换的部分进行一定形式
7、的标记。通常不带标记的转换,因为会丢失太多的信息而不予考虑,而只考虑在采用称为规范化标记图NG(Normalizedgraph)的同时也录入所有其他结构式的转换。标记图NG是有限个不同结构式F1,F2,⋯,Fn的共有标志,它是对所考虑的结构式应用某种规则处理后产生的图。转换录入方式过程可分为4步:(1)对需录入的化合物歧义结构表达式进行描述;(2)产生规范化标记图;(3)对规范化标记图进行描述;(4)对有同一规范化标记图的化合物进行关联。在结构描述文件中,一般只记录规范化标记图和无歧义的结构。每个标记图中应有指针指向放在称为“
