基于rdna序列研究土生空团菌的遗传多样性

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1、分类号S476+.9学校代码10129UDC581学号2010202047基于rDNA序列研究土生空团菌的遗传多样性GeneticDiversityofCenococcumGeophilumBasedonrDNASequenceAnalysis申请人：王亭学科门类：农学学科专业：植物病理学研究方向：植物病害生物防治指导教师:陈立红副教授论文提交日期：二〇一三年六月摘要土生空团菌（CenococcumgeophilumFr.）是一种重要的外生菌根真菌，具有突出的抗旱性。其地理分布和寄主范围都非常广泛。目前，国内

2、关于土生空团菌遗传多样的研究还很少，因此，本文对35个中国菌株和4个法国菌株的rDNAITS区域和18S、28SrDNA中I型内含子进行测序，结合GenBank的相关数据，分析其核苷酸序列差异和RNA二级结构特征，进一步研究影响土生空团菌遗传分化的因素。主要结果如下：1、土生空团菌rDNAITS区序列长度为422bp~447bp，显示出93.8%~100%的同源性。其中ITS1和ITS2区均可形成稳定的RNA二级结构，表明它们在rRNA转录后加工中发挥着作用。系统发育分析表明每个地区的土生空团菌都有一定的遗传

3、多样性；其中聚在一起的菌株基本来源于相同地理区域，而菌株的亲缘关系与寄主没有明显相关性。2、34个中国土生空团菌有22个菌株在18SrDNA中有I型内含子。序列分析表明18SrDNA中的I型内含子序列长度为488bp~590bp。其5’端序列比较保守，3’端序列有差异。二级结构显示I型内含子有10个配对区（P1~P10），P5区域由P5，P5a，P5b，P5c，P5d组成，P9的3’端有2个配对区（P9.1、P9.2）。系统发育分析表明每个地区的土生空团菌有一定的遗传多样性；其中遗传多样性和地理区域有很大的关

4、系，和寄主没有明显相关性。3、34个中国土生空团菌有21个菌株在28SrDNA中有I型内含子。28SrDNA中的I型内含子序列长度为570bp~607bp。其5’端序列有差异，3’端序列比较保守。二级结构显示28SrDNA中的I型内含子有10个配对区（P1~P10），P1区域由P1，P1a，P1b组成，P5区域由P5，P5a，P5b，P5c组成。由于没有土生空团菌28SrDNA中内含子序列的报道，无法进行全面的系统发育分析。关键词：土生空团菌；核糖体DNA；I型内含子；RNA二级结构；遗传多样性Genetic

5、DiversityofCenococcumGeophilumBasedonrDNASequenceAnalysisAbstractCenococcumgeophilumisanimportantectomycorrhizalfungi,andithasstrongdroughtresistance.Ithaswiderangeofhostandgeographicaldistribution.Atpresent,theresearchonthegeneticdiversityofCenococcumgeoph

6、ilumislessinChina.SotheITSregionand18SrDNAintronofthirty-fivechinesestrainsandfourfrenchstrainsweresequencedinthisstudy.CombinedwithdatafromGenbank,DNAalignmentwasconductedandRNAsecondarystructurewasconstructed,furthermore,thegeneticvariationofCenococcumgeo

7、philumwasstudied.Themainresultsareasfollows:1.ThelengthofrDNAITSsequencesofCenococcumgeophilumisfrom422to447bp,with93%~100%similartoeachotherfromourdataandGenBankdata.TheITS1andITS2allcanformstableRNAsecondarystructures,implyingthattheyplayrolesinthepost-tr

8、anscriptionalprocessingofrRNA.ThephylogeneticanalysisshowsthatCenococcumgeophilumhassomedegreeofgeneticdiversityineachsite,andthestrainsclusteredtogethorarefromthesamesite.Itwasnotfoundtherelationshipb